人民法院对自诉人提起诉讼的案件，必须根据立案的条件进行审查，主要查明有无明确的被告人。有无足够的证据证明被告人犯罪，案件是否属于受诉人民法院管辖，能否交付法庭审判等。审查后根据不同情况分别处理：对于符合立案条件的案件，应当开庭审判；对缺乏罪证的，如自诉人提供不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。
自诉人明知有其他共同侵害人，但只对部分侵害人提起自诉的，人民法院应当受理，并视为自诉人对其他侵害人放弃告诉权利。判决宣告后自诉人又对其他共同侵害人就同一事实提起自诉的，人民法院不再受理。共同被害人中只有部分被害人告诉的，人民法院应当通知其他被害人参加诉讼。被通知人接到通知后表示不参加诉讼或者不出庭的，即视为放弃告诉权利。第一审宣判后，被通知人就同一事实又提起自诉的，人民法院不予受理。但当事人另行提起民事诉讼的，不受限制。
自诉案件的一审程序，与公诉案件基本相同。但由于自诉案件主要是直接侵害公民个人合法权益的轻微刑事案件，《刑事诉讼法》对这类案件的审判程序作了一些特殊规定：
(1)对告诉才处理的案件，被害人起诉的有证据证明的轻微刑事案件，可以适用简易程序，由审判员一人独任审判。
(2)对告诉才处理的案件，被害人起诉的有证据证明的轻微刑事案件，人民法院可以进行调解，调解达成协议后应制作调解书，调解书送达双方当事人后即发生法律效力，但对于被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而侦查机关或者人民检察院不予追究被告人刑事的案件，不适用调解。
(3)自诉案件在审理过程中，宣告判决前，自诉人可以同被告人自行和解，或者撤回自诉，对当事人自行和解的应记录在案，对自诉人申请撤诉的一般应予准许。但自诉人撤诉后除有正当理由外，不得就同一案件再行起诉。
(4)开庭时，自诉人经两次合法传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的应按撤诉处理。
(5)自诉案件的被告人在诉讼过程中可以对自诉人提起反诉，反诉适用自诉的规定，提起反诉必须具备下列条件：提起反诉的是本案被告或其法定代理人；反诉提起的时间是在法院对自诉案件宣告判决前；反诉的对象是本案的自诉人，反诉的内容同自诉人起诉的事实有关。反诉案件应当与自诉一并审理，自诉人撤诉的，不影响反诉案件的继续审理，如果对双方当事人都必须判处刑罚，应根据各自应负的罪责分别判处，不能互相抵销刑罚。
