刑事案件就提起审判的主体不同而言，有公诉案件和自诉案件之分。自诉案件是指由被害人直接向人民法院起诉，启动刑事审判程序的刑事案件。立案程序是启动刑事诉讼的必经程序，自诉案件也不例外。公诉案件的立案程序法律规定得较为明了，最高人民检察院、公安部也就各自的适用问题作了明确的解释或规定。自诉案件的立案，法律规定得较为粗略，司法解释更有疏漏，以致实践中出现混乱、不规范的情形。立案程序作为启动自诉案件审判程序的第一关应当引起我们足够的重视。
自诉案件的立案与审判是同一诉讼的不同程序还是同一程序的不同环节？一种观点认为，是同一程序的不同环节，立案与审判都同属于审判程序，立案只是审判程序中的一个诉讼环节。其主要理由是刑事诉讼法对“自诉案件”作了专节规定，而刑事诉讼法的“立案”一章规定在“立案、侦查和提起公诉”一编内，因此该编中的“立案”仅适用于公诉案件。另一种观点认为，是同一诉讼的不同程序，立案与审判紧密相关，但不能混同，不能以审判程序替代或者掩没立案程序。笔者持后一种观点，其理由有二：
首先，法律将“立案”程序与“自诉案件”审判程序分别规定在刑事诉讼法中的不同程序范畴之内。“立案”规定在刑事诉讼法的“第二编立案、侦查和提起公诉”中，将审判程序规定在刑事诉讼法“第三编审判”中，这种法律结构形式表明，立案程序与审判程序是分别独立的；立案程序显然是审判程序的前置程序、上游程序，没有立案程序就不可能引起审判程序；审判程序是立案程序的承继、下游程序，因此，“立案是刑事诉讼过程中一个独立的法定程序，即它不隶属于其他任何诉讼阶段而独立存在”。
其次，无论是公诉案件还是自诉案件的程序进程都应服从这种法律结构形式。“第三编审判”中的“自诉案件”一节无疑只是对自诉案件审判程序的规定，而并不包含自诉案件中的立案程序，自诉案件的立案程序无疑是规定在第二编的“立案”一章中。刑事诉讼法的审判程序中没有也不能够规定自诉案件的立案，如果认为自诉案件的立案应根据审判程序进行，那么，刑事自诉案件的立案则无法可依，同时也将破坏法律结构模式和各程序间的逻辑关系。同样的道理，刑事诉讼法“立案”一章的规定绝不是仅适用于公诉案件，也适用于自诉案件。
笔者之所以反复论证这一点，原因是人民法院直接受理的刑事自诉案件在立案程序上如何严格执行刑事诉讼法“立案”一章的规定存在诸多问题，有必要先从法律内涵和程序关系上弄明白。
既然立案是刑事诉讼过程中的一个独立的程序，而且又是一个必经程序，那么自诉案件就必须受刑事诉讼法“立案”规定的规范，而这一点恰恰是被各级审判机关所忽略的。刑事诉讼法第86条规定：人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。最高人民法院就该条内容的适用问题，从未作过任何正式的司法解释。
最高人民法院1993年9月24日《关于刑事自诉案件审查立案的规定》第13条规定：对不符合立案条件，应书面通知自诉人并说明不予受理的理由，自诉人坚持告诉的，裁定驳回起诉。最高人民法院1994年3月21日《关于审理刑事案件程序的具体规定》只在“自诉案件第一审程序”中规定：对不符合立案条件的，应书面通知自诉人并说明理由，自诉人坚持告诉的，人民法院应当裁定驳回起诉，自诉人对此裁定可以上诉。1996年全国人民代表大会对刑事诉讼法作了全面修正后，最高人民法院1997年4月21日《关于人民法院立案工作的暂行规定》第11条作了与上述解释内容相同的规定。
1998年9月8日最高人民法院《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》第188条规定，有7种情形，人民法院可以说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉。该《解释》第192条规定，对于已经立案，经审查缺乏罪证的，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回起诉或者裁定驳回起诉。
综合上述最高人民法院几个司法解释主要包含以下几个内容：
一是对于不符合立案条件而坚持起诉的，人民法院应当裁定驳回起诉；
二是人民法院已经立案，经审查缺乏罪证，自诉人如果不能补充证据，应当说服其撤回起诉或者裁定驳回；
三是自诉人对驳回起诉的裁定可以提出上诉。
但没有一个司法解释就刑事诉讼法第86条关于人民法院如果认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的两种情形，应不予立案，控告人（自诉案件为自诉人）如果不服，可以申请复议的规定作出任何解释。最高人民法院于1999年4月6日公布的《法院刑事诉讼文书样式》共164个样本及此后又增补的几个样本，也没有自诉案件不予立案决定书（只有对公诉案件《不予受理决定书》样本）及控告人提出复议，人民法院作出的复议决定书的样本。通观这些，应当得出这样的结论，国家最高审判机关是排斥人民法院适用刑事诉讼法的“立案”一章的。虽然最高人民法院正式的司法解释予以排斥，但这一问题还是曾引起过最高人民法院有关部门的重视。
最高人民法院研究室在1986年12月12日给上海市高级人民法院《关于自诉刑事案件立案程序问题的电话答复》中曾明确回复：一、自诉案件的立案和开庭前的审查是刑事诉讼中两个不同的阶段。对于控告材料，人民法院应当先根据刑事诉讼法第61条的规定，决定是否予以立案。然后对立案的自诉刑事案件再依据刑事诉讼法第126条的规定，进行开庭前的审查。二、对于不构成犯罪的控告材料，根据刑事诉讼法第61条的规定，人民法院应当不予立案，并将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。
这一电话答复的内容无疑是正确的，是符合刑事诉讼法有关立案的规定的，但遗憾有二：最高人民法院研究室的答复虽然对下级法院办案具有重要指导意义，但毕竟不是正式的司法解释，不具有法律效力；这一正确的意见没有引起最高人民法院的重视，吸纳到后来的正式司法解释中来。然而，作为同样具有司法解释权的最高人民检察院1999年1月18日公布的《人民检察院刑事诉讼规则》以及公安部1998年5月14日公布的《公安机关办理刑事案件诉讼规定》都对刑事诉讼法第86条的适用根据各自实际作了基本一致的规定，即：认为没有犯罪事实，或者不构成犯罪的，决定不予立案，并制作不立案通知书，连同不予立案的原因一并送达控告人。控告人不服申请复议的，由作出原决定的机关对复议申请进行审查后作出复议决定。《规则》和《规定》还分别就有关期限或内部承办部门作了规定。
因为最高人民法院的司法解释根本上就是排斥人民法院对自诉案件适用刑事诉讼法“立案”一章的，所以不可能就“立案”程序中的“复议”作出任何解释，导致了基层法院对刑事自诉案件立案复议程序的抛弃。概之以凡坚持告诉的均以裁定形式驳回，而对裁定，当事人可以上诉。这样的合法性、合理性值得质疑：
一是刑事诉讼法明确规定，两种情形下人民法院、人民检察院、公安机关应当作出不予立案的决定，控告人不服也只能申请复议，而现实是人民法院直接受理的自诉案件都撇开立案复议程序，一律适用裁定通过二审程序终结立案，这种做法是没有法律依据的。
二是自诉案件与公诉案件相比较，总体上应当讲公诉案件行为人的罪行比自诉案件要严重，罪质也是公诉之罪重于自诉之罪。然而，当被控告人均不构成犯罪的情况下，罪质重的公诉案件由原作出不予立案决定的人民检察院或者公安机关作出复议决定即可了结，而罪质相对较轻的自诉案件则要通过两级法院的一、二审审判程序才能终结，这显然不合理。
因此，有必要对刑事自诉案件诉讼的启动程序进行正本清源。首要的是必须重视刑事自诉案件的立案程序，把好第一关。笔者认为，人民法院接到自诉人的自诉后，应当认真审查，总的处理原则是，符合立案条件的决定立案，进入审判程序；不符合立案条件的，作出不予立案的决定，连同不立案的原因一并通知自诉人；自诉人如果不服，可以向同一人民法院申请复议；人民法院应对复议申请重新认真审查，认为理由不成立的作出维持原议的决定并通知自诉人，认为复议申请理由成立，符合立案条件的，重新作出予以立案的决定，案件移送进入审判程序。
