两者的区别：自诉是当事人自己提起的诉讼。公诉是检察院依职权主动提起的诉讼。
自诉：刑事案件中被害人或其法定代理人、近亲属为追究被告人的刑事责任而向法院直接提起的刑事诉讼。公诉的对称 。这类案件属于告诉乃论的和其他不需要进行侦查的轻微刑事案件 。前者指侮辱罪 、诽谤罪 、暴力干涉他人婚姻自由罪、虐待家庭成员罪等，后者指轻伤害罪、拒不执行法院判决或裁定罪、重婚罪、拒绝抚养罪等。
在中国，自诉案件由人民法院直接受理，被害人可直接向法院提起诉讼。被害人如果是未成年人，由其法定代理人代为自诉。被害人因受到强制、威吓无法自诉的，其近亲属也可代为自诉。自诉有提交诉状和口头自诉两种方式。口头自诉的，由人民法院记入笔录。自诉人在宣告判决前，可以同被告人和解或撤回自诉，人民法院也可进行调解，被告人还可以对自诉人提出反诉。自诉案件由审判员一人审理，人民检察院一般不出席审判。
公诉：公诉案件是指由国家公诉机关--人民检察院代表国家行使控告权，指控被告人犯罪，向人民法院提起公诉，要求对被告人定罪科刑的案件，这类案件在刑事案件中是主要的。 公诉案件一般要经过如下过程：公安机关进行侦查，对认为构成犯罪的，向人民检察院提出起诉意见书;人民检察院负责审查起诉，认为构成犯罪的， 向人民法院提起公诉;人民法院开庭审理，在庭审过程中，通过法庭调查及控方与被告人及辩护人双方的辩论，核实证据，查清事实，然后对被告人的行为进行是否有罪及罪名和量刑进行裁判。 在以上过程中， 侦查阶段，公安机关可以对犯罪嫌疑人进行拘留，对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人，由公安机关向人民检察院提请逮捕，人民检察院批准后，可以逮捕犯罪嫌疑人，也可以视情况采取其他强制措施。
《刑事诉讼法》第一百七十六条 对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。
《刑事诉讼法》第二百零四条第３款的规定“被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件”，被害人有权提起自诉。
由此可以看出，公诉转自诉案件其实是对公安机关，检察院行为的一种审查，是一种监督纠错机制。它本质上仍是公诉案件，只不过赋予了被害人自诉的救济权利，因此是不允许调解的，除了民事赔偿部分。但是根据法律相关规定，可以进行和解。
１、公诉案件的诉讼权属于国家，不属于被害人，被害人只有在公诉机关非法不起诉的情况下，拥有补充诉讼权。
２、但是，加害人充分赔偿被害人的损失是可以影响量刑的。故意伤害罪致人轻伤的，处刑幅度是３年以下有期徒刑、拘役或管制，是可以适用缓刑的，如果被害人向法院求情，是会影响量刑。法院法官可以酌情处缓刑。 公诉案件不是当事人说算就算了的，是由国家说了算，所谓国家就是指公诉机关（检察院）说了算。
３、案件撤诉程序在1996年刑事诉讼法中被取消，这是为了维护的严肃性。但是由于司法实践中存在较多公诉后撤诉的现象，最高人民法院和最高人民检察院就公诉案件撤诉发布了相关司法解释，只是规定比较简单，如撤诉的时间、撤诉的情形、撤诉的条件、撤诉的法律后果等都不明确，导致司法实践中存在诉讼终结但没有结论、对被告人应否释放、何时释放没有规定、缺乏继续和再行起诉的具体规定等问题。
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