预付款是否扣除安全文明施工费

预付款中不扣除安全文明施工费。预付款是在工程合同签订后，根据合同约定或双方协商，由业主提前支付给承包商的一部分工程款项。安全文明施工费是指用于保障施工工地安全和环境文明的费用，安全文明施工费、农民工工伤保险不在工程预付款内。

《建设工程价款结算暂行办法》 第十二条
工程预付款结算应符合下列规定：
（一）包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付；
（二）在具备施工条件的前提下，发包人应在双方签订合同后的一个月内或不迟于约定的开工日期前的7天内预付工程款，发包人不按约定预付，承包人应在预付时间到期后10天内向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不按要求预付，承包人可在发出通知14天后停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的利息，并承担违约责任；
（三）预付的工程款必须在合同中约定抵扣方式，并在工程进度款中进行抵扣。