首先定义上有所区别：商品房是由房地产开发商独立开发出来的一种产品，以市场的买卖关系来实现其使用价值，是一种完全的市场经营行为。因此商品房的消费群体较为广泛，没有限制。而消费群体广泛、没有限制。而集资房则是由单位、社会团体组织、住宅合作社来组织建设，重点是为了解决其既定范围内中低收入家庭的住宅问题，采取的是先集资后建房的形式，是一种非市场行为，不存在买卖与经营关系。
其次是在土地使用权上有所区别：商品房所取得的是出让土地使用权，而集资房取得的则是划拨土地使用权。所以在集资房上市交易、出租、抵押和继承时，应向政府有关部门补交土地出让金。而集资房是改变了住宅建设由国家和单位包的传统制度，政府、单位、职工个人三方面来共同承担建房的成本，由多方筹集资金进行房屋建设而非市场购买来实现直接分配的一种房屋。
最后在手续申办上有所区别：一般商品房的土地都是出让用地，主要是以招投标、拍卖、挂牌以及市场转让的方式取得；而集资房的土地主要是通过政府划拨方式取得的划拨土地，而且会减免相关税费。因此，集资房的建设申办手续过程不同于一般商品房建设的申办手续过程。
