股权转让纠纷管辖法院根据《民事诉讼法》的规定来确定。
《民事诉讼法》第二十三条规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
因此，在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
对于被告所在地，大家一般都会知道的。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。
