一、农村合作医疗在市里住院怎么报销
1、农村合作医疗在市里住院报销方式如下：
（1）由定点医疗机构按规定在收费时进行减免，由医院开具报销发票；
（2）由医院开具费用汇总清单、医院等级证明、诊断证明、医保卡等报销部门需要的其它资料；
（3）等待医院按月对减免情况进行公布，接受群众监督，通过后即可报销；
（4）将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。
2、法律依据：《
中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
第三十条
下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
二、住院报销流程是什么
住院报销流程如下：
1、入院或出院时都必须持医疗保险IC卡到各定点医疗机构医疗保险管理窗口办理出入院登记手续；
2、参保人员住院后统筹基金的起付线分为三档，在一个基本医疗保险结算年度内，多次住院的医疗费累计计算；
3、参保人员因病情需转诊、院的，须经定点医疗机构，三级以上，副主任医师或科主任诊断后提出转诊、院意见，由所在单位填报申请表，经定点医疗机构医疗保险管理部门审核同意报市、区，社保机构批准后办理转诊、院手续。
转院限于省特约医院，其费用先由本人垫付，其报销标准要先自负10%，再按本地规定计算可报销金额；
4、在定点医疗机构出院时，各定点医疗机构会按照相关政策计算报销金额和个人应该自付的金额，其报销金额由定点医疗机构和市区社会保险经办机构结算，个人应该自付的金额由定点医疗机构和参保人员本人结算。
