用人单位的规章制度没有违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，违反公司规定扣工资不违法。
实际工作中，产假期间的工资如何发放，可以有如下两种操作办法：
（1）女职工产假期间先行发放产假期间工资（就是固定工资部分，不含奖金和与工作有关的补贴）；待生育津贴申领到帐后，进行对比：如果已发工资低于生育津贴，那么将差额部分一次性补发；如果已发工资高于生育津贴，那么不再补扣差额部分。
（2）先计算能够申领的生育津贴，从财务借款发放；等到申领完毕后社保支付生育津贴冲抵借款。同时，应该将产假期间工资与生育津贴进行对比，补差发放。 注：以上两种方式，都是采取了先发放的方式，因为如果等到生育津贴申领下来才发放，女职工将有几个月领不到工资。这样做不合适，而且也会引起员工不满。法律依据：《
中华人民共和国人口与计划生育法》 第二十五条 符合法律、法规规定生育子女的夫妻，可以获得延长生育假的奖励或者其他福利待遇。
《女职工
劳动保护特别规定》 第七条 女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，应增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，可增加产假15天。
女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；怀孕满4个月流产的，享受42天产假。
《
中华人民共和国社会保险法》
第五十三条 职工应当参加生育保险，由用人单位按照国家规定缴纳生育保险费，职工不缴纳生育保险费。
第五十四条 用人单位已经缴纳生育保险费的，其职工享受生育保险待遇；职工未就业配偶按照国家规定享受生育医疗费用待遇。所需资金从生育保险基金中支付。生育保险待遇包括生育医疗费用和生育津贴。
第五十五条 生育医疗费用包括下列各项：
（一）生育的医疗费用；
（二）计划生育的医疗费用；
（三）法律、法规规定的其他项目费用。
第五十六条 职工有下列情形之一的，可以按照国家规定享受生育津贴：
（一）女职工生育享受产假；
（二）享受计划生育手术休假；
（三）法律、法规规定的其他情形。
生育津贴按照职工所在用人单位上年度职工月平均工资计发。
