被告人有一套小产权房，法院不可以强制执行。
因为小产权房屋是非法的，法院如果查封、拍卖，就会使非法的变成合法的，会使所有的小产权房屋都会通过法院的诉讼程序来合法化。但是，当事人之间可以自行协商，被执行人可以将小产权房屋自行抵债，只要不经过法院认可就行。
民事执行又称为民事强制执行，是指人民法院的执行组织依照法律规定的程序和方式，运用国家的强制力量，在负有义务的一方当事人拒不履行义务时，强制其履行义务，从而实现生效法律文书内容的一种诉讼活动。法律依据：《
中华人民共和国民事诉讼法》第三十九条 人民法院审理第一审民事案件，由审判员、陪审员共同组成合议庭或者由审判员组成合议庭。合议庭的成员人数，必须是单数。
适用简易程序审理的民事案件，由审判员一人独任审理。
陪审员在执行陪审职务时，与审判员有同等的权利义务。
第四十九条 当事人有权委托
代理人，提出回避申请，收集、提供
证据，进行辩论，请求调解，提起上诉，申请执行。
当事人可以查阅本案有关材料，并可以复制本案有关材料和法律文书。查阅、复制本案有关材料的范围和办法由最高人民法院规定。
当事人必须依法行使诉讼权利，遵守诉讼秩序，履行发生法律效力的判决书、裁定书和调解书。
第一百条 人民法院对于可能因当事人一方的行为或者其他原因，使判决难以执行或者造成当事人其他损害的案件，根据对方当事人的申请，可以裁定对其财产进行保全、责令其作出一定行为或者禁止其作出一定行为；当事人没有提出申请的，人民法院在必要时也可以裁定采取保全措施。
人民法院采取保全措施，可以责令申请人提供担保，申请人不提供担保的，裁定驳回申请。
人民法院接受申请后，对情况紧急的，必须在四十八小时内作出裁定；裁定采取保全措施的，应当立即开始执行。
