处理捕捞权纠纷的法律依据主要是《物权法》第123条，《渔业法》第23条、第24条的规定。
1、《物权法》
第一百二十三条 依法取得的探矿权、采矿权、取水权和使用水域、滩涂从事养殖、捕捞的权利受法律保护。
2、《渔业法》
第二十三条 国家对捕捞业实行捕捞许可证制度。
海洋大型拖网、围网作业以及到中华人民共和国与有关国家缔结的协定确定的共同管理的渔区或者公海从事捕捞作业的捕捞许可证，由国务院渔业行政主管部门批准发放。其他作业的捕捞许可证，由县级以上地方人民政府渔业行政主管部门批准发放;但是，批准发放海洋作业的捕捞许可证不得超过国家下达的船网工具控制指标，具体办法由省、自治区、直辖市人民政府规定。
捕捞许可证不得买卖、出租和以其他形式转让，不得涂改、伪造、变造。
到他国管辖海域从事捕捞作业的，应当经国务院渔业行政主管部门批准，并遵守中华人民共和国缔结的或者参加的有关条约、协定和有关国家的法律。
第二十四条 具备下列条件的，方可发给捕捞许可证：
(一)有渔业船舶检验证书;
(二)有渔业船舶登记证书;
(三)符合国务院渔业行政主管部门规定的其他条件。
县级以上地方人民政府渔业行政主管部门批准发放的捕捞许可证，应当与上级人民政府渔业行政主管部门下达的捕捞限额指标相适应。
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