处理植物新品种申请权权属纠纷和植物新品种权权属纠纷的主要法律依据是《合同法》第326条、第327条和第339—341条，《植物新品种保护条例》第7条、第8条，最高人民法院《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第2—5条和第16条。另外，可以参照《植物新品种保护条例实施细则(农业部分)》第7～10条和《植物新品种保护条例实施细则(林业部分)》第5条和第7条的规定。
处理侵害植物新品种权纠纷的主要法律依据是《植物新品种保护条例》第6条、第39条和第40条，以及最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》。
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