在运输合同纠纷的管辖中，需要注意普通法院与海事法院和铁路运输法院管辖范围的界限。根据最高人民法院《关于适用(中华人民共和国民事诉讼法)若干问题的意见》第30条的规定，铁路运输合同纠纷及与铁路运输有关的侵权纠纷，由铁路运输法院管辖。最高人民法院《关于铁路运输法院对经济纠纷案件管辖范围的规定》对铁路运输法院受理经济纠纷案件的范围进行了详细界定。
《海事诉讼特别程序法》规定，海上运输合同纠纷案件由海事法院管辖。但是，对于非海上的货物运输合同，如内水货物运输合同、内河旅客、行李运输合同等，即本案由所属的水路运输合同纠纷。’不应由海事法院管辖。因此，.对本案由电除铁路运输合同纠纷以外的案件，适用《民事诉讼法》172 最高人民法院民事案件案由规定理解与适用(2011年修订版)第28条的规定：“因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”
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