《若干规定》中虽然规定由审判人员主持证据交换，但并未具体明确是否由合议庭组成人员还是由其他审判人员主持。在司法实践中，对此产生了不少争议和不同做法。一种观点认为，为了防止证据交换可能对法官产生预断心理，避免准备行为和审判行为、审判准备程序与开庭审理程序界限的模糊，结合中国法院大立案改革的趋势，应采取证据交换主持法官与庭审法官相分离的原则，由立案庭法官或书记员或另行设立的法官助理主持证据交换;另一种观点认为，由立案庭法官或法官助理主持证据交换，在实际操作中容易造成庭前准备工作与案件审判工作的脱节，使庭审法官对案件整体的把握受到限制，所以应由合议庭评审法官来主持交换。这样有利于主审法官熟悉证据，掌握争议焦点，但同时应禁止审判人员与当事人单独接触。当事人交换证据只是为了查阅、辨认、掌握对方的证据，固定诉讼请求，为庭审的质证和辩论做准备。法官主持交换证据的目的是为了明确和固定双方的诉讼请求和争议焦点，而并非是在开庭前对证据的真实性、合法性和关联性进行审查核实。设立庭前证据交换的目的是为民事诉讼的公正与效率提供程序性保障，其程序性价值远大于其在实体上的意义。庭前证据交换应确立只进行程序性的材料交换，明确和固定争点，而不涉及实体审理的原则。只要在庭前证据交换中严格把握程序性原则，只进行程序性的交换与核对，不进行证据的质证和认证，无论是由立案庭法官、书记员主持，还是由主审法官主持，都应当是被允许的。具体的操作则涉及到法院内部分工问题，各级法院的实际情况不尽相同，应由各地法院在此原则下具体掌握。
有些法院在推行证据交换制度过程中，主持法官不仅对证据进行交换，而且进一步对证据进行质证和认证，使证据交换变味成预备庭审或开庭审理。这种做法不仅不符合庭前证据交换制度的设立目的，而且也不符合中国的审判组织形式。中国法院行使审判权的组织是合议庭，而非承办法官个人，对证据的质证、认证就由合议庭全体成员共同进行。主持交换的法官即使是案件的承办法官，其个人也只能主持进行证据交换的程序性工作，证据的质证和认证只能由合议庭在庭审进共同进行。
关于证据交换的次数，由于证据的种类和表现形式的不同，以及证据持有人对不同证据，包括对证据本身的认识不同，诉讼实践中对对方当事人提出的初始证据完全不加反驳的情形是非常少见的。因此法院主持证据交换时，一次达到目的的情况并不多，为平等保护当事人诉讼权利，法院应两次组织证据交换。但为了防止当事人尤其是被告方利用证据的多次交换来拖延诉讼，应对证据的次数做出必要的限制，一般不应超过两次，且对再次举证的期限务必要从严控制。对此《若干规定》在第四十条作了相应的规定。[page]
