所谓医疗损害赔偿纠纷，是指患者及其亲属认为医疗机构及其工作人员的医疗行为存在过错或者差错，并因此造成患者身体和精神上的损害事实，从而引发以损害赔偿为主要诉求的民事权益争议。以医疗损害是否构成医疗事故为标准，医疗损害赔偿可简单分为医疗事故赔偿和其他医疗损害赔偿。
《医疗事故处理条例》(以下简称《条例》)第2条规定：“医疗事故是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故”。关于构成医疗事故的损害赔偿问题，最高人民法院于2003年1月6日颁布的《关于参照<医疗事故处理条例>审理医疗纠纷民事案件的通知》(法[2003]20号规定：“条例施行后发生的医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，诉到法院的，参照条例的有关规定办理;因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用民法通则的规定。”此条规定明确了《条例》与《民法通则》的适用关系。
2004年5月1日，最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》(以下简称人损司法解释)正式实施，那么，对于医疗事故损害赔偿纠纷和其他医疗损害赔偿纠纷案件而言，在该解释施行后，是参照适用条例的规定，还是适用人损司法解释的规定，在实践中又产生了新的分歧。
一种观点认为，应按最高人民法院的通知规定继续适用，即构成医疗事故起诉到法院的，赔偿问题参照条例的规定办理;未构成医疗事故的其他医疗损害赔偿纠纷适用民法通则的规定，在具体处理确定赔偿项目及数额时可适用人损司法解释的规定。
另一种观点则认为，最高人民法院的通知对于构成医疗事故的医疗损害赔偿纠纷案件只是规定了参照条例的规定办理。最高人民法院的通知下发时，人损司法解释尚未实施，现人损司法解释实施后，应当按照人损司法解释确定医疗单位所应负民事赔偿责任的大小，而不应拘泥于最高人民法院的通知规定，即不论医疗损害是否构成医疗事故都应按人损司法解释确定医疗单位应负民事赔偿责任的大小，否则有可能出现同样的损害后果而所获得的赔偿却大相径庭的现象，这对于保护患者的合法权益是极为不利的。
之所以出现上述争议，是因为我国目前还没有侵权行为法或一部专门性的立法来调整医疗损害赔偿纠纷，以《医疗事故处理条例》这样一部行政法规来调整完全属于民事法律关系的医疗损害赔偿纠纷显得力不从心。《医疗事故处理条例》作为行政法规应是对行政法律关系进行调整，而现实是对医患双方的民事法律关系也在实现干预，造成审判实践中法律适用上的冲突和适用法律的尴尬。而《民法通则》关于侵权损害赔偿的规定又过于笼统和原则，缺乏可操作性。最高院人损司法解释施行后，对于《民法通则》的有关赔偿规定进行了足够的细化，具有可操作性，并且该解释在确定赔偿项目和计算赔偿数额上充分体现了对于受害人这一弱势群体的人文关怀。
纵观世界各国医疗事故立法与司法实践，对于民事赔偿问题采用的最基本的原则都是“受害人有权要求加害人承担因其过失侵权行为造成的一切损害，从而使受害人恢复到如损害未曾发生的状态”。这不仅是医疗事故损害赔偿的原则，更是民法的基本原则。对照《医疗事故处理条例》与人损司法解释的相关条款我们不难发现，《条例》在赔偿的适用上存在着一定的局限性。主要表现为：[page]
(1)《条例》第49条规定，医疗事故赔偿应当考虑医疗事故的等级确定具体赔偿数额，但如何根据事故等级确定赔偿数额在条例中无具体规定;该条第二款规定“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”，更是在实践中成为医疗单位与患者之间的争议焦点所在。现在的审判实践已经表明，在诉讼过程中经法院委托医学会对是否构成医疗事故进行鉴定的，其结论为医疗事故的数目极为有限，在个别地区几乎为零。试想如果我们要执行最高人民法院的通知规定，按《条例》执行的话，对于不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任，以此为由驳回患者一方的诉讼请求的话，显然是不现实的，通常我们又以“不属于医疗事故，医疗机构不承担医疗事故赔偿责任，但仍然要承担一般侵权的民事责任”为由判令有过错的医疗机构承担赔偿责任。可见我们在此适用了双重的标准，即一方面，我们既强调适用《条例》，另一方面，又不按《条例》的规定执行，从法理上是讲不通的。
(2)对于患者死亡的，《条例》只规定了丧葬费和精神损害抚慰金，精神损害抚慰金的数额以事故发生地年平均生活费计算，赔偿的最长年限为6年，无死亡赔偿金的规定，而人损司法解释第29条规定，死亡赔偿金是按受诉法院所在地上一年度城镇居民我均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准按二十年计算，此项就涉及到患者一方的重大利益;
(3)关于精神损害抚慰金，《条例》只规定了造成残疾和死亡两种情况下方支付该笔费用，对于未造成残疾和死亡的一般医疗损害行为而又确给患者带来一定…
精神痛苦，是否需要给予精神抚慰和抚慰的数额则没有具体规定。人损司法解释则在第18条专门就精神损害抚慰金的赔偿问题明确规定为，适用最高人民法院《关于确定民事侵权精神损害赔偿责任的若干问题的解释》，在该解释中对于精神损害抚慰金的给付并非以死亡或残疾为条件。对于构成医疗事故而未有残疾或死亡的医疗损害赔偿纠纷案件，按照最高人民法院上述通知规定，应当执行《条例》的规定，如患者主张精神损害抚慰金则很难获得保护，尽管患者一方可能存在一定的精神痛苦且符合最高人民法院《关于确定民事侵权精神损害赔偿责任的若干问题的解释》中关于给付精神损害抚慰金的条件;与此相对应，不构成医疗事故也未有残疾或死亡的其他医疗损害赔偿纠纷案件，因只考虑适用民法通则的规定，则有可能获得精神损害抚慰金。这样就出现了：同样的医疗损害结果，因患者方是主张医疗事故赔偿还是一般人身损害赔偿而导致赔偿数额的巨大差异。例如，原告黎某与被告某镇卫生院医疗损害赔偿纠纷案，被告在为原告分娩过程中造成原告大出血，被告医生为原告用纱布止血时将一块纱布遗留在原告的体内，造成原告数年来苦不堪言，后经手术取出。该案如进行医疗事故鉴定确属医疗事故无疑，如原告起诉医疗事故赔偿，因原告无残疾也未死亡，则其精神损害抚慰金不能成立，如其主张医疗损害赔偿，则有获得精神损害抚慰金的可能，此案中由于被告的过错行为导致原告精神痛苦是显而易见的。
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