《条例》第49条第2款规定：“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。”因此，只有在构成医疗事故的情况下，医疗机构才承担赔偿责任。根据《条例》第4条规定“造成患者明显人峰损害的其他后果”才能构成医疗事故，这说明医方过失导致患者人身损害未达到“明显”程度的，不构成医疗事故。从中可以看出，医疗差错并未完全纳入医疗事故范围，因此，从保护患者权益看，《条例》有一定的局限性。
关于医疗事故损害赔偿具体的计算标准，《条例》规定，患者的误工费为患者有固定收入的，按照本人因误工减少的固定收入计算，对收入高于医疗事故发生地上一年度职工平均工资3倍以上的，按3倍计算。致人死亡的，仅赔偿丧葬费和相当于6年当地居民平均生活费的精神损害抚慰金。我国《民法通则》规定，误工赔偿费的标准，可以按照受害人的工资标准或者实际收入的数额计算。《国家赔偿法》规定赔偿因误工减少收入的每日赔偿金按照国家上年度职工平均工资计算，最高额为国家上年度职工平均工资的5倍。死亡补偿费为国家上年度职工平均工资的20倍。对上述问题，有的认为《条例》标准低，与《国家赔偿法》、《民法通则》确定的赔偿标准有冲突，应当如何适用?在司法实践中，有的主张特别法优于普通法，《民法通则》是普通法，《条例》是特别法，应当适用该《条例》。有的认为《民法通则》颁布过早，难以适应现实发生的大量医疗事故赔偿案件;但也有的认为，如果适用《条例》显失公平，不足以救济受害人的损害的，法院可以作出高于《条例》规定的赔偿标准的赔偿数额。
这些问题涉及到对法律文件和法律部门关系的认识。民法是调整平等主体之间的财产和人身关系的法律部门，其表现形式可以是民事基本法、单位法等，而行政法规也是民法的表现形式之一。判断行政法规中的内容属于那个法律部门，主要看它规定的是哪个法律部门调整的社会关系，只要它规定的是有关平等主体之间财产关系、人身关系的法律规定，它就属于民法部门性质的行政法规。《民法通则》是普通法，《国家赔偿法》是关于国家侵权损害赔偿的特别法，《条例》是处理医疗事故损害赔偿的特别法。各自规定的侵权损害赔偿标准，有所差异，是由其调整的领域各不相同，侵权的性质不同决定的，不能互相比较，更不应认为有冲突，此其一。其二《条例》是关于医疗事故处理的专门法规，受害者援引《条例》规定获得赔偿，从实务处理的角度看可更为简便，如果依据《民法通则》的规定，则会变得困难些。因为《民法通则》规定的比较原则，没有《条例》规定得具体。其三，我国是发展中的国家，医疗事故赔偿比国家赔偿和一般的民事赔偿的标准低，是可以理解的。若过分发地扩大医疗机构赔偿责任，会影响医疗高备的改善和医疗技术水平的提高，甚至影响到医疗机构的存亡。目前国外医疗事故赔偿却是依靠医疗保险来实现。我国应建立医疗责任保险制度，并实行限额赔偿。
关于精神损害赔偿，《条例》规定精神损害赔偿按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算。造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过6年;造成患者残废的，赔偿年限最长不超过3年。而最高人民法院《关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》(以下简称《解释》)规定法律、行政法规对残废赔偿金，死亡赔偿金等明确规定的，适用法律、行政法规的规定。这样在司法实践中必须出现究竟执行《条例》的赔偿标准，还是执行了《解释》中规定的、在实践中普遍掌握的民事赔偿标准?
《条例》关于赔偿标准问题虽然比《办法》的规定标准有了很大提高，但赔偿标准仍然过低，但随着时间的推移，医疗损害赔偿的标准会进一步提高，至于精神损害赔偿标准问题，《条例》与《解释》并不矛盾，应当执行《条例》有关规定。
