1、存在先后顺序
(1)医疗事故技术鉴定要先于医疗过错司法鉴定，只有经医疗事故技术鉴定不构成医疗事故的才可以进行医疗过错司法鉴定。一方当事人申请进行有关医疗过错的司法鉴定，而另一方当事人申请进行医疗事故技术鉴定的，人民法院应当委托进行医疗事故技术鉴定，并要求提出医疗事故技术鉴定申请的一方当事人预交鉴定费。
医疗行为经鉴定构成医疗事故，当事人又申请就医疗过错进行司法鉴定的，一般情况下不予支持。医疗行为经鉴定不构成医疗事故，当事人申请就医疗过错进行司法鉴定，人民法院认为有必要的，应于支持。
一方当事人申请进行有关医疗过错的司法鉴定，而另一方当事人申请进行医疗事故技术鉴定的，人民法院应当委托进行医疗事故技术鉴定，并要求提出医疗事故技术鉴定申请的一方当事人预交鉴定费。医疗行为经鉴定构成医疗事故，当事人又申请就医疗过错进行司法鉴定的，一般情况下不予支持。医疗行为经鉴定不构成医疗事故，当事人申请就医疗过错进行司法鉴定，人民法院认为有必要的，应于支持。
2、委托形式不同
首次医疗事故技术鉴定只能委托当地设区的市级医学会（天津市为区、县医学会），再次鉴定只能委托所属省的省级医学会（市医学会）;必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。医疗事故技术鉴定具有明显的地域性及层级性。而医疗过错司法鉴定不受地域范围的限制，各鉴定机构之间也没有隶属关系。
3、鉴定程序不同
医疗事故技术鉴定时，医学会应当根据医疗事故争议所涉及的学科专业，确定专家鉴定组的构成和人数。专家鉴定组进行医疗事故技术鉴定，实行合议制。而司法鉴定是由鉴定机构指定或者选择二名司法鉴定人共同进行鉴定。
4、证据形式不同
医疗事故技术鉴定书只盖医学会医疗事故技术鉴定专用印章，专家鉴定组成员并不在鉴定书上签字，因此，专家鉴定组成员也不可能出庭接受当事人质询，这是医疗事故技术鉴定书作为证据使用的明显缺陷。而医疗过错司法鉴定实行鉴定人负责制，司法鉴定应当由司法鉴定人签名或者盖章;司法鉴定人经人民法院依法通知，应当出庭作证，回答与鉴定事项有关的问题。
5、二者内容不同
司法鉴定仅对医疗行为是否存在差错及上述医疗差错与损害结果之间的因果关系进行鉴定，而医疗事故鉴定不仅包括上述司法鉴定内容，且对医疗差错所造成的后果是否构成医疗事故等级给予明确性结论。同时，从鉴定费用上看，两级医疗事故鉴定费用与一级司法鉴定费用基本持平，从这个角度看，司法鉴定费用相对较高些。
