医疗事故鉴定专家之间的意见经常可能不一致，这即是临床医学的特点所致、也是医疗事故鉴定的特点。“普遍接受”的惯例标准，并非是“全体接受”，实际上，世界各国、各地区医学会发布的“指南”多数都不完全一样、甚至可能有很大差别。同样一种胃黏膜增生性改变，在日本可能被认为是早期胃癌，而我国会认为是癌前病变，在美国被会认为是正常。为应对这种专家观点不同带给法官的困惑，我国台湾法院经常同时委托两家或几家机构进行医疗事故鉴定以比较鉴定结论，我国大陆由专家小组进行鉴定也是异曲同工;各国医疗纠纷调解机构和医学会鉴定机构、以及部分国家的法院，往往采用数名专家进行讨论、鉴定的方式，这与我国医疗事故鉴定做法的精神也是一样的;这些做法，比英美法系国家法庭上的“专家大战”更接近真实。英美法系国家的“专家大战”，除了有这些因素外，因证人的特点，医学专家会故意不提供有关行业广泛接受的标准的证言，当事人专家还往往有意隐瞒有利于对方、不利于己方的客观标准证据、甚至向法庭提供“垃圾科学”。没有哪个当事人愿意花钱找一个坚守公平理念、在关键时刻倒戟反戈的专家证人。美国医学会发布的《Medical Testimony》(医学鉴定)中要求：“医生在为照顾标准作证时必须注意审查案件、按照标准、回顾事件发生时的状况。此外，常常因医疗实践的不同，便可引起专家之间的分歧，尽管每一种方法，是医学上可以接受的。同样，创新的治疗需要仔细介绍。总体而言，表达不同的意见时，专家证人应避免煽动性的指控。他们也绝不能只是猜测，而是应为能够索赔提供证明，例如，在经验的基础上发表的研究，协商一致的声明或以证据为基础的准则，应认识到一些证据可能更具有权威性”。
科学技术分析并非法律分析，因此不应由鉴定专家去认定医疗行为是否构成法律上的过失，除发现科学技术真相外，司法判断还有其他的考察事项，例如紧急避险、注意义务、医疗水平差异等法律问题。医疗事故鉴定给出的是关于科学技术专门问题的“鉴别评定”意见，这是一种临床医学活动。进行法律评价、即判决，如对“医疗过错”的认定，应该是法官的职责，而不是鉴定人的职责、不是鉴定活动的内容。对某个具体案例，鉴定专家应该指出该案例所对应的技术标准或“普遍接受”的惯例标准是什么、具体医疗行为是否符合技术标准或“普遍接受”的惯例标准，并对因果关系、即参与导致损害后果的各种原因力(或称参与度)进行评价，帮助法官去“发现真相”。无论是什么形态的鉴定，无论是法院委托的鉴定、还是其他部门委托的鉴定、还是当事人委托的鉴定，无论是作为医学会组织的医疗事故鉴定专家组成员、法官的“专家助手”、当事人的“专家辅助人”、法庭的“中立专家证人”，鉴定活动应只限定于科学技术内涵、而不对鉴定对象及其行为进行法律评价。
医疗事故鉴定给出的“鉴别评定”意见是审判的证据和基础之一，故有被采纳与否的问题。也就是说，“鉴别评定”意见与法院判决结论的指向有可能不一致。鉴定意见并非是替代法官的判决，因此法官也要对专家鉴定意见进行合适的审查、评价。除形式审查外，美国联邦最高法院在其出版的《Reference Manual on Scientific Evidence》一书中对医学鉴定的审查提出了一些指导原则，这里摘要归纳一些有关的部分：
专家意见应符合科学性、逻辑性、可靠性，对专家意见的审查应该依据临床医学知识、原理和方法，而不是依据 “精确”科学标准。
专家表达的观点应是可靠的“推理”，而不是“推测”，而且已经经过“同行评议”。
引用的资料必须是已经公开发表的，而不是为应付鉴定而特别总结、撰写的。
关于医疗标准的证词通常是讨论在相似的情况下其他医师会如何做，而非被告医生的诊断和处置是否是好的医疗实践(虽然一般情况下惯例性医学实践和好的医学实践应该是吻合的)，因此，对于医疗标准的专家意见，其可接受性是由证人的医师资格是否和被告在同一领域来决定。
医学因果关系推理与法律因果关系推理并不完全相同，医学因果关系推理往往考虑各种潜在的异常、内因和因果关系“链”、即发病机理，而法庭往往只考虑疾病的“外因”。
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