在不同的医疗纠纷中举证责任的分配是不同的，其一，在医疗侵权诉讼中，举证责任实行的是“举证责任倒置”，这是最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》的明确规定，是法定的举证责任倒置。其二，对于事实清楚较简易的其他医疗纠纷案件，原告选择违约之诉的，应适用无过错归责原则，参照《民事诉讼法》的规定，实行“谁主张，谁举证”，由主张违约方承担举证责任。鉴于医学科学的复杂性和患者个体的差异性，一般不能将治疗效果作为合同的标的。
在目前我国民法体系中，医疗侵权诉讼中实行的是“举证责任倒置”，《若干规定》中，也将医疗侵权纠纷的归责原则界定为过错推定原则，上述立法本意，旨在平衡医患关系，保护患者合法权益，同时也防止片面加重医疗方的负担。对于绝大多数医疗纠纷案件，选择过错推定的侵权之诉明显有利于患方，但是，不可否认的是，某些医疗纠纷当患者选择违约之诉时，则适用无过错责任原则归责，这样更有利于受害方权益的保护。对于此类案件则可以参照《民事诉讼法》的规定，实行“谁主张，谁举证”。其三，有的医疗纠纷中存在这样的情况，因为患者掌握着重要的证据，如果发生争议，让医疗机构举证根本不可能，因为这些证据在患者出院之后往往已经带走，如果让医疗机构承担举证责任，患者拒不出示的话，医疗机构只能承担举证不能的后果，随之而来的也只能是医疗机构的败诉。
一、不适用举证责任倒置的一些情况
因医疗行为所引起的医疗纠纷适用举证责任倒置的规定，但因医疗行为以外的原因所引起的医疗机构与患者之间民事纠纷不适用举证责任倒置的规定。最高人民法院所颁布的关于民事诉讼证据若干规定的司法解释第四条第(八)项规定“因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。”在此解释出台之后，很多法院在审判实践中均认为只要是患者到医院就医时与医疗机构所发生的纠纷，患者不需要承担任何证明责任，即所有的证明责任均由医疗机构承担。此种是理解是片面地、错误地。患者到医院去就医，除与医疗机构发生医疗服务合同法律关系外，还可能存在其他民事法律关系，例如：1、病人指责病历真伪的问题。2、病人在医院摔倒、财物被盗。3、病人指责医院未尽注意义务(护理不周、未给穿衣盖被、送饭、保管等)。4、侵犯名誉权、隐私权、处分权等等普通民事侵权的法律关系。上述医患之间发生的纠纷不是因医疗诊疗技术行为所引发，因此，不适用上述规定，仍应依照 “谁主张、谁举证”的举证责任分配原则。所以，医患双方之间因医疗事故以外的原因所引发的非医疗行为所导致的其他民事法律关系的纠纷，不适用举证责任倒置。
二、医疗行为举证责任倒置的有限性
在最高人民法院《关于民事诉讼证据若干规定》这一司法解释颁布后，许多患者产生了误解，认为只要因医疗技术行为所引起的侵权纠纷，患方不负担任何举证责任，均由医院举证。对此，最高人民法院副院长黄松有大法官在2003年3月26日全国民事审判工作会议上指出：“当前有些同志对此规则还存在片面理解或者误解，甚至误导。因此，我在这里重申：对医疗行为引起地侵权诉讼，司法解释规定地只是部分举证责任倒置，即涉及医方是否有医疗过错、医疗行为与损害结果之间是否存在因果关系负有举证责任。如果医方已尽到自己的职责，是能够通过正确行使举证权利而得到法律保护的。至于患方与医疗机构之间是否存在医患法律关系，患方是否存在损害事实、是否存在实际损失、损失多少等，举证责任均在患方。只有患方提供地证据达到民事诉讼法第108条规定地起诉条件，人民法院才予立案受理。经过审理，只有患方对其负有举证责任地“正置”部分的事实提供了充分的证据，由医方实行举证责任倒置才有意义，否则，应当依法驳回患方的起诉和诉讼请求。”因此，由黄松有大法官的讲话可以看出，即便是因医疗技术行为所引起的侵权纠纷，也不等于患方不负担任何举证责任。[page]
三、医疗机构存在举证不能的情形
最高人民法院之所以规定在因医疗行为所引起的侵权纠纷中施行举证责任倒置，是考虑到此类法律关系的特殊性，其目的是为了更好地体现公平原则和诚实信用原则。但是，在实践中，存在着多种可造成医疗机构的举证不能的情形。首先，医学科学自身的发展造成了医疗机构举证不能。众所周知，医学是一门专业性很强的学科，临床医学又具有复杂的多变性、局限性，还有许多不解之谜。再加上医学的特殊性、风险性和人体的差异性，在医疗诊治过程中对某疾病的治疗所产生不良反应，不是可以用简单的对和错回答。例如医疗意外，难以避免的并发症、医学技术水平限制等，另外，在临床用药中，由于药物本身或多或少都具有致毒的副作用，并且由于个体差异的存在，相同的药物适用于不同的个体可能会产生不同的后果，因此，医学科学自身的发展是造成医疗机构举证不能的一个重要的因素;其次，因患者的原因造成了医疗机构的举证不能。此方面包括：(1)患者来就诊前的情况医生不掌握。如一些特殊疾病的隐匿性，不做CT、核磁等检查，无法确诊。但如若患者稍有症状就进行全面检查又存在加重患者费用负担的问题，并且此种情况可引发国家医疗保险费用增加，如检查后患者一切正常，患者会因增加费用向医院提出没有检查必要的问题，引发医患之间的矛盾，使医务人员处于两难的境地。(2)患者拒绝治疗和隐瞒病史产生的后果无法举证。如患者或者家属不同意手术，不配合进行特殊检查;死亡患者家属拒绝解剖检查病因，并且拒不在病历上签字，患者不如实向医生陈述病情等，在此种情况下，医生不能强迫其签字，并且有时也无第三人在场，甚至有时派出所的公安民警在场也不愿做证人签字，医院很难举证。(3)患者出院后的情况医生不掌握。出院后病人使用何种药物治疗，产生何种疾病又到何处就诊，对其疾病后果的发生有无影响医院无法监控，当然也就无法举证。(4)门诊病历、小本、X片、CT、病理片等有关资料可以被患者拿走，有些是由患者自己保存，其拒不交出，也可造成医疗机构无法举证。(5)病人假冒他人姓名住院治疗，医院无法提交其真实姓名病历等。
