在患者起诉医疗机构的医疗侵权案件中，医疗机构应能够证明医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及医疗过错，才不承担医疗侵权责任。医疗机构所举证据的种类大致包括：
1、物证，证据学中的物证是指以其外部特征、存在物和物质属性来证明案件事实的实物。医疗纠纷案件中的物证主要是指医疗工作中的治疗用具，比如注射针头、针管、输液管、输血袋、治疗使用的药品、医疗器械等。这些物证是医疗纠纷中广泛使用的一种证据，具有较强的客观性、稳定性。在患者及其家属同医疗单位对医疗护理过程中发生的不良后果产生纠纷时，要对医疗现场实物进行收集、保留和查封，不得对这些实物再使用或毁坏。对于一些易发生腐坏的物质如血液制品，必须要采取有效的措施，妥善保管。根据法律规定：疑似输液、输血、注射、药物等引起不良后果的，医患双方应当共同对现场实物进行封存和启封，封存的现场实物由医疗机构保管；需要检验的，应当由双方共同指定的、依法具有检验资格的检验机构进行检验；双方无法共同指定时，由卫生行政部门指定。疑似输血引起不良后果，需要对血液进行封存保留的，医疗机构应当通知提供该血液的采供血机构派员到场。
2、病案，是民事诉讼中的书证。病案是指病人在门诊、急诊、留观室及住院期间全部医疗资料的总称，是关于病人和疾病的诊疗过程中第一手重要的原始记录，是具有法律效力的正式医疗文书。在发生医疗纠纷之后，病案是医疗行政部门和法院确认医疗单位诊疗措施是否正确，认证医疗过失的重要证据。根据《医疗事故处理条例》的规定，医疗机构应当按照国务院卫生行政部门规定的要求，书写并妥善保管病历资料。因抢救急危患者，未能及时书写病历的，有关医务人员应当在抢救结束后6小时内据实补记，并加以注明。发生医疗事故争议时，死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、上级医师查房记录、会诊意见、病程记录应当在医患双方在场的情况下封存和启封。封存的病历资料可以是复印件，由医疗机构保管。在进行医疗事故鉴定时，医疗机构提交的有关医疗事故技术鉴定的病案材料应当包括下列内容：（一）住院患者的病程记录、死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、会诊意见、上级医师查房记录等病历资料原件；（二）住院患者的住院志、体温单、医嘱单、化验单（检验报告）、医学影像检查资料、特殊检查同意书、手术同意书、手术及麻醉记录单、病理资料、护理记录等病历资料原件；（三）抢救急危患者，在规定时间内补记的病历资料原件，（四）封存保留的输液、注射用物品和血液、药物等实物，或者依法具有检验资格的检验机构对这些物品、实物作出的检验报告；（五）与医疗事故技术鉴定有关的其他材料。在医疗纠纷案件中，即使不构成医疗事故，上述病案资料也是医疗机构应当向法院提供的证明医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及医疗过错的重要证据。
发生医疗纠纷的，其实不一定就是医疗机构的过程，此时可能是因为患者一方的医闹行为而导致纠纷的发生。在这种情况下，医疗机构可以作为诉讼主体，依法向法院提起诉讼，追究医闹者的法律责任。而要是涉及到举证的话，则可以参考上述内容进行操作。
