各级卫生厅(局)是各级医疗单位的行政主管部门,它不但确定各级各类医疗单位及医护人员的最低资格条件及在取得资格后必须遵守的规则和要求,而且在发生医疗纠纷后拥有调查、调解、裁决和处罚的权利。在行政管理法律关系中，卫生主管部门是行政主体，各级医疗单位是直接行政相对人，患者在医疗纠纷中是利害关系人，行政机关对医疗单位的行政管理必然会对其产生影响而使其成为间接相对人。
实践中，由于畏诉和对诉讼经济的考虑，患者及其家属在发生医疗纠纷后，往往先向卫生主管部门(我国目前医疗鉴定委员会设在其中的医政部门)投诉，要求调查和鉴定。经调查和鉴定后，根据医疗纠纷的性质及经济赔偿数额的大小，卫生行政部门可对医患双方的纠纷主持调解，如果调解失败，再转由司法机构依法处理。同时可依照《国务院医疗机构管理条例》和《执业医师法》给予医疗单位和直接责任人以相应的行政处罚和行政处分，它主要有：
1，财产罚。基于违法或违章行医而致的医疗纠纷，可给予医疗单位一定数额的罚款，或没收财产(如未达法定标准的、能严重影响病人安全和健康的医疗器械，各种假药劣药等)。
2，行为罚。符合《执业医师法》第37条规定，情节较重的，或由于医院严重管理混乱而致的医疗纠纷，卫生行政机关可暂扣或吊销直接责任人的《医师职业证书》或《护士职业证书》，暂扣或吊销责任医疗单位的行医许可证。
3，申戒罚。基于医疗单位管理不善而致的医疗纠纷，可给予警告、通报批评或限期改正等措施。对于医师责任符合《执业医师法》第37条规定，情节较轻的，可给予警告或责令暂停执业活动。
4，行政处分。直接责任人或直接负责的主管人员在医疗纠纷中负有责任的，可依责任大小比照国家公务员暂行条例，给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等行政处分。《医疗事故处理办法》第20条规定：对造成医疗责任事故的直接责任人员，医疗单位应当根据其事故等级、情节轻重、本人态度和一贯表现，分别给予以下行政处分：
一级医效事故：记大过、降级、降职、撤职、开除留用察看、开除;
二级医效事故：记过、记大过、降级、降职、撤职;
三级医效事故：警告、记过、记大过、降级、降职。
《医疗事故处理办法》第21条规定：对造成医疗技术事故的直接责任人员，医疗单位应责令其作出书面检查，吸取教训，一般可免予行政处分;对情节严重的，也应当依照本办法第20条的规定，酌情给予行政处分。但行政机关是凭借何种权利而对有独立法人地位的事业单位人员进行处分的，这有待商榷。
个体开业的医务人员所造成的医疗事故，由当地卫生行政部门根据事故等级、情节、本人态度，除责令其病员或家属一次性经济补偿外，还可以处一年以内的停业或者吊销其开业执照。不可否认，我国目前医疗单位承担行政责任的案例不多，且主要是针对个体行医，这与医疗单位管理水平不高，医疗纠纷频繁发生有着必然的联系。
在医疗事故处理中，常有少数患者或其家属借口医疗事故提出过高的赔偿要求，无理要挟医疗单位的情况。《医疗事故处理办法》第19条作出明确规定：因医疗事故致残的病员不需要继续住院治疗，产妇死后留有活婴的，由其家属接受出院;无家属的，由其所在单位接受出院。病员在医疗单位死亡后，尸体应立即移放太平间。死者尸体存放时间一般不得超过一周，逾期不处理的尸体，经当地卫生行政部门批准，并报公安部门备案后，由医疗单位处理;火化后的骨灰应通知家属领回。
无论是刑事、民事、行政责任，经济赔偿是必然的，而且必须由医疗单位承担。但是，我国医院大部分属于事业单位，基本上靠国家财政拨款，收费低廉，基本无营利，根本没有专门用于医疗事故的赔偿款项。如果再拿出款项支付经济赔偿费，势必影响医院的设备更新、智力投资以及正常工作的开展。这是一个亟待解决的问题。有人建议采取建立医疗事故赔偿责任保险制度以解决赔偿费用的的来源问题。具体办法是，由国家卫生部门与保险公司签订医疗事故保险合同，或专门设立一个医疗事故赔偿委员会，其赔偿经费有三个方面的来源：一是各企业单位按其资产总额交纳一定比例的费用;二是卫生部门按照职工工资总额交纳的一定比例的费用(不宜过大);三是从国家税收中给予一定的补贴。
