二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
(1)主体不同。非法行医罪的主体是不具有医师执业资格的人，而医疗事故罪的主体是医务人员。
(2)主观方面不同。非法行医罪行为人对造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果所持的心理态度，既可以是过失，也可以是间接故意，而医疗事故罪对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
(3)客观方面不同。非法行医罪造成就诊人死亡或身体健康严重后果的原因既可以表现为责任过失，也可以是技术过失，而医疗事故罪则仅限于责任过失，技术过失不构成犯罪。
非法行医致人死亡或严重损害就诊人身体健康与故意杀人罪、故意伤害罪的界限
行为均造成了人员伤亡的后果，区别在于：
(1)本罪的主体是特殊主体，限于未取得医生执业资格的人，而后二罪的主体是一般主体。
(2)主观方面不同。本罪行为人对严重不良后果的心理态度是过失和间接故意，而后二罪的主观方面为直接故意或间接故意，不包括过失。
(3)发生场合不同。本罪发生于擅自从事医疗活动过程中，而后二罪发生的场合不限于此。
(4)客体不同。本罪侵害的客体是国家对医疗卫生工作的管理制度和公共卫生，而后二罪仅侵犯特定公民的生命健康权利，并不侵害国家对医疗卫生工作的管理制度。
非法行医致人死亡或严重损害就诊人身体健康与过失致人死亡罪、过失致人重伤罪的界限
三罪均造成了人员伤亡的后果，区别在于：
(1)主体不同。本罪的主体是特殊主体，即未取得医生执业资格的人，而后二罪的主体是一般主体。
(2)主观方面不同。本罪行为人对严重不良后果所持的心理态度是过失和间接故意，而后二罪的主观方面是过失，不包括间接故意。
(3)发生场合不同。
(4)客体不同。
