合作企业法第12条规定，合作企业应当设立董事会或者联合管理机构，依照合作企业合同或者章程的规定，决定合作企业的重大问题。此外。还规定，合作企业成立后可改为委托中外合作者以外的他人经营管理。可见，合作企业在组织机构的设置上有较大的灵活性，同中外合资经营企业有很大区别。
合作企业的管理形式有以下四种：
(一)董事会制
具有法人资格的合作企业，一般实行董事会制。董事会是合作企业的最高权力机构，决定合作企业的重大问题，董事长、副董事长由合作各方协商产生；中外合作者的一方担任董事长的，由他方担任副董事长。
董事会可以决定任命或者聘请总经理负责合作企业的日常经营管理工作。总经理对董事会负责。合作企业的经营管理机构可以设副总经理1人或若干人。副总经理协助总经理工作。
(二)联合管理制
不具有法人资格的合作企业，一般实行联合管理制。联合管理机构由合作各方代表组成，是合作企业的最高权力机构，决定合作企业的重大问题。中外合作者的一方担任联合管理机构主任的，由他方担任副主任。
联合管理机构可以设立经营管理机构，也可以不设立经营管理机构。设经营管理机构的，总经理由经营管理机构任命或者聘请，负责合作企业的日常经营管理工作，对联合管理机构负责。不设经营管理机构的，由联合管理机构直接管理企业。
(三)委托管理制
经合作各方一致同意，合作企业可以委托中外合作一方进行经营管理，另一方不参加管理；也可以委托合作方以外的第三方经营管理企业。合作企业成立后改为委托第三方经营管理的，属于合作合同的重大变更，必须经董事会或者联合管理机构一致同意，并报审批机关审批，向工商行政管理机关办理变更登记手续。
(四)议事规则
合作企业的董事会会议或者联合管理委员会会议每年至少召开一次，由董事长或主任召集并主持。董事长或者主任因特殊原因不能履行职务时，由副董事长、副主任或者其他董事、委员召集并主持。1/3以上董事或委员可以提议召开董事会会议或联合管理委员会会议。
董事会会议或者联合管理委员会会议应当有2/3以上董事或者委员出席方能举行，不能出席董事会会议或者联合管理委员会会议的董事或委员应当书面委托他人代表其出席和表决。董事会会议或者联合管理委员会会议作出决议，须经全体董事或者委员的过半数通过。董事或者委员无正当理由不参加又不委托他人代表其参加董事会会议或者管理委员会会议的，视为出席董事会会议或者管理委员会会议并在表决中弃权。
召开董事会会议或者联合管理委员会会议，应当在会议召开的10天前通知全体董事或者委员。董事会或联合管理委员会也可以用通讯方式作出决议。
董事会或联合管理委员会作出决议一般由出席会议董事或委员的过半数同意，但合作企业章程的修改，合作企业注册资本的增加和减少，合作企业的解散，合作企业的资产抵押，合作企业的合并、分立和变更组织形式，合作各方约定由董事会会议或联合管理委员会会议一致通过方可作出决议的其他事项，应由出席董事会会议的董事或者管理委员会的委员一致通过，方可作出决议。
