两者的区别还是比较多的，重要的方面包括这么几点：
一，商业秘密是企事业单位已经掌握的技术或者信息，保密协议也就是要求不得外泄这些技术秘密和经营信息;竟业禁止是针对相关核心人员固有技能的，竟业协议防止的是相关技能在竞争对手或者既能拥有者本人在非公司场所使用，从而降低公司的竞争力也就是增大了外界竞争压力。
二，商业秘密原则上属于法定附随义务，只要圈定了商业秘密的范围并和员工有了明确说明就应该遵守保守商业秘密的约定，而且是不需要补偿的，正如普通的销售合同中常有的双方需要保密的条款;竟业禁止属于约定义务，他限制了员工离职后的自由择业权利，特别是在分工比较细化的今天，同行业禁止很多时候会影响员工的将来的收益，这也是为什么法律法规要求约定的时候必须有补偿的原因。(目前江苏要求三分之一，但我觉得法律规定其实是有很多问题的，并没有充分考虑企业实际情况和整体司法环境——个人观点，可以讨论)
三，在员工签订相关的安排上，保密协议根据需要可以和所有员工都签订;而竟业协议只能和相关核心人员签订，并且实事求是，有必要才签，没有必要就不签了，因为如果和所有人签订，一来在出现纠纷通过司法途径解决时对竟业协议的效力解释会受到影响，二来给公司带来的补偿成本也太高。
四，在期限上，保守商业秘密原则上没有期限限制，也就是任何时候都不得泄露单位秘密;竟业禁止因为牵涉到个人利益和社会生产力发挥的问题，一般是有法律明确规定限制的，比如江苏省劳动合同条例就是不得超过三年。
