一、义务来源不同。
竞业限制义务是一种约定义务，义务内容由劳动者与用人单位自行约定，无约定的则无义务。
保密义务是一种法定义务，义务内容来源于法律规定，如我国《反不正当竞争法》第10条就具体规定了侵犯商业秘密的情形。
二、限制的行为不同。
竞业限制的是劳动者在离职后从事某种专业、服务或经营某类产品或服务的行为。
保密协议限制的是劳动者在离职后不得自己使用或向第三人泄露、披露其在原单位工作时获得的商业秘密或其他秘密，但并不限制劳动者从事竞争业务或到竞争企业工作的行为。
三、期限不同。
竞业限制是有期限的限制。劳动者在职期间的竞业限制期限是劳动关系的存续期间；劳动者离职后的竞业限制期限，由劳动者与用人单位协商确定，但最长不得超过法律规定的2年期限。
保密协议一般是没有期限限制的，只要作为保密协议对象的商业秘密仍然存在，那么劳动者的保密义务就一直存在。但也不排除，用人单位与劳动者协商一定期限的保密时间。
四、追究法律责任的途径不同。
竞业限制的约定是在劳动合同履行期间或履行期满后对劳动者就业限制的一种约定，实际是劳动合同的履行内容或劳动合同履行的一种续延。故因竞业限制而引起的纠纷一般应视为劳动合同纠纷，应仲裁前置。
但如果用人单位以不正当竞争纠纷为由起诉劳动者和新用人单位，则可以不正当竞争纠纷直接受理，无须仲裁前置。
因保密协议发生纠纷的，用人单位即可以选择通过劳动仲裁追究劳动者的违约责任，也可以通过诉讼追究劳动者侵犯商业秘密的侵权责任。
