创新才能发展，创新才有进步。对于深入贯彻落实科学发展观、构建社会主义和谐社会和创建中国特色社会主义审计模式，具有重大意义。财政审计是国家审计的永恒主题，用“免疫系统”理论推动财政审计创新，是与时俱进的结果，结合实际情况，笔者认为在目前情况下，创新财政审计还存在“四个症结”：
一是财政审计与财政改革步调不一致。目前，财政管理体制改革仍在探索实施过程中，其改革是分步进行的，与之相匹配的法律法规相对滞后，导致财政审计发现的一些新情况、新问题，难以界定、难以问责，给审计处理处罚带来一定困难，影响了财政审计工作的深化和作用的发挥。从实施财政审计的实际情况看，主要以事后监督为主，被审计单位发生了违纪违规行为之后，经实施审计才可采取处理处罚措施，由此造成财政审计与财政管理脱节，审计监督缺乏及时性、有效性，不利于及时发现问题和纠正问题。
二是预算执行审计监督的内容和范围有缺失。通过审计实际情况看，预算执行审计只是对其“支出环节”进行审计，而对其编制和决算过程时常与审计无关，影响了财政审计的完整性；对于预算收入的审计，由于计算预算收入的口径问题，在计算时并没有囊括政府全部收入，存在部分体制外收入游离于监督之外，由此易造成审计监督盲点。
三是没有有效开展财政资金效益审计。提高财政资金使用效益，是财政审计的一个重要目标和发展方向。但目前财政审计仍主要是进行真实、合法性审计，还局限在挤占挪用等表面问题上，对揭示和查处决策失误、损失浪费等方面缺乏力度；对资金的使用是否合理有效，缺乏深层次综合分析和实质性评价；对财政资金投入是否科学、民主、有效，缺乏机制、制度层面分析；对改进和完善财政资金使用效益，缺乏针对性的建议。
四是发挥AO审计的作用不明显。由于目前财政审计软件还不能与税务征管信息、国库退入库系统实现数据交换和共享，审计部门及其运用计算机审计环境的不确定性，被审计单位使用的会计核算软件百花齐放，审计实施中需花费大量时间和精力采集和转换数据，影响财政审计工作的整体进度。
