中国农业生态环境保护协会下设农业环境管理专业委员会、农业环境监测专业委员会、农产品环境安全专业委员会、生态农业专业委员会、农业生物多样性专业委员会、草地生态与畜牧环境保护专业委员会及渔业环境保护分会等7个专业委员会。中国农业生态环境保护协会现共有97个团体会员单位及4000多个个人会员。
中国农业生态环境保护协会自1981年成立以来，围绕各种农业生态环境问题召开各类学术会议30次，有1500多人次参加，交流论文1100余篇，提出建议数十款项;组织专家进行了10次专题科学考察、调研和论证，提出一系列合理化建议;为提高公众的农业生态环境保护意识，组织会员编写了一套科普丛书，并组织有关专家编制出版了专业性书籍;举办了环境质量评价方法讲习班和全国生态农业培训班。主办编辑出版全国性农业环保学术类科技期刊《农业环境科学学报》，迄今为止已出版27卷158期。
