运行机制包括信任机制、利益协调机制、保障机制、学习机制和预警机制，具体的农产品流通体系整体运行框架见图2。
信任机制。农产品流通体系内主体之间相互信任对于农产品顺利流通具有重要意义。信任机制的建立与否是体系完善与否的重要标志。农产品流通体系本身也就是一个系统，系统之间的元素相互交换信息和能量，系统单元的最佳决策是相互信任，而不是欺骗。
利益协调机制。在农产品流通体系中的各主体为了得到利润而参与其中，因此利益协调分配的前提和基础就是公平和公正。在体系的发展中保证各参与者都能获得报酬，体现出投入与产出的明显关系。但是流通的过程往往比较复杂，需要政府建立完善的宏观调控体系，实施合理的企业化管理，让各主体都能在系统内发挥作用。
保障机制。在流通体系中，对实力比较薄弱，竞争力不强的企业或者是农户，政府和有关监督部门要提供扶持，提供有利的保障措施。另外流通体系中的合作也需要建立完善的保障机制，通过政府规范企业行为，使企业合作能顺利开展。
学习机制。农产品流通体系的构成相当于一个集群的构成，在集群中必然要互相借鉴，取长补短。因此建立农产品流通体系的学习机制，是指在体系内各个主体包括组织、群体和个人之间，以及体系内各主体之间的知识流动的渠道、相互关系和作用方式。学习作用的发挥离不开集体学习机制的建立。体系内成员可以通过学习机制，吸收其他成员的知识来增加自身的知识基础和提高自身的能力。
预警机制。农产品流通体系是一个复杂的系统，要保障其顺利的进行，就要建立预警机制，为流通体系提供保障。在流通的主体或者是某个环节出现问题时，能够有应对突发事件的能力;发挥政府和监控部门的职能以及流通体系内各参与主体的积极性，来达到保持流通体系顺畅流通的目的。
