根据国家环境保护部的职责，环境保护部设14个内设机构：
(一)办公厅。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作;承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作。
(二)规划财务司。
组织编制环境功能区划、环境保护规划;协调、审核环境保护专项规划;承担机关、直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作。
(三)政策法规司。
拟订环境保护政策;承担涉及环境保护的其他政策的制定工作;起草法律法规草案和规章;承担机关有关规范性文件的合法性审核工作;承担机关行政复议、行政应诉等工作。
(四)行政体制与人事司。
承担机关和派出机构、直属单位的人事、机构编制工作;承担环境保护系统领导干部双重管理的有关工作;承担环境保护行政体制改革的有关工作。
(五)科技标准司。
承担环境保护科技工作;承担国家环境标准、环境基准和技术规范的拟订工作;参与指导和推动循环经济与环保产业发展。
(六)污染物排放总量控制司。
拟订主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施;提出总量控制计划;考核总量减排情况;承担环境统计和污染源普查工作。
(七)环境影响评价司。
承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作;监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格;对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。
(八)环境监测司。
组织开展环境监测;调查评估全国环境质量状况并进行预测预警;承担国家环境监测网和全国环境信息网的有关工作。
(九)污染防治司。
拟订和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治法规和规章;组织实施排污申报登记、跨省界河流断面水质考核等环境管理制度;组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督。
(十)自然生态保护司(生物多样性保护办公室、国家生物安全管理办公室)。
组织编制生态保护规划;提出新建的各类国家级自然保护区审批建议，对国家级自然保护区的保护工作进行监督;组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作;开展全国生态状况评估;指导生态示范创建与生态农业建设;承担国家生物安全管理办公室的工作。
