因为国务院反垄断委员会承担组织、协调和指导反垄断行政执法工作的任务，并履行研究拟定有关竞争政策、制定和发布反垄断指南等多项职责，我国反垄断执法机构的主要任务就是发动反垄断调查程序、审理案件和对案件做出行政裁决。这也即是说，反垄断行政执法机构是一个准司法机构。根据第10条的规定，反垄断行政执法分为中央和地方两级机构。
1、反垄断中央执法机构
在我国反垄断法颁布后的初期阶段，将有国家商务部、国家工商行政管理总局、国家发改委三家机构分头执行反垄断法。商务部享有反垄断执法权的主要依据是2006年以商务部为首的六部委共同发布的《外国投资者并购境内企业的规定》。根据这个规定的第10条，商务部对外资并购境内企业享有审查权，包括反垄断审查的权力。在经商务部审查的外资并购活动中，引人注目的有美国凯雷收购中国的徐工案，法国SEB集团收购中国的苏泊尔案。2006年，法国SEB收购中国苏泊尔的反垄断调查是商务部启动的第一个反垄断调查。反垄断法颁布之后，国家商务部对外资并购的反垄断审查权将扩大到所有的企业并购活动。目前，国家商务部执行反垄断法的下属机构是“反垄断调查办公室”。2007年3月，该办公室还发布了《外国投资者并购境内企业反垄断申报指南》。。
国家工商行政管理总局享有反垄断执法权的依据主要是1993年颁布的《反不正当竞争法》。这部法律规范不正当竞争行为，也规范某些限制竞争行为，如该法第6条和第7条的规定。根据以往的工作经验，国家工商行政管理总局公平交易局的反垄断执法活动将集中在禁止滥用市场支配地位的方面。此外，它还有权监管不涉及价格问题的垄断协议。
国家发改委享有反垄断执法权的主要依据是我国1997年颁布的《价格法》。该法第14条第1款规定，经营者不得“相互串通，操纵市场价格，损害其他经营者或者消费者的合法权益。”根据该法第5条，国务院价格主管部门统一负责全国的价格工作，包括执行《价格法》第14条第1款的任务。国家发改委执行反垄断法的机构主要是其下属的价格司，其任务主要是禁止价格卡特尔以及涉及价格的其他垄断行为。国家发展改革委员会2003年发布过《制止价格垄断行为暂行规定》，依法查处过一些串通价格的行为。
2、地方反垄断执法机构
出于建立全国统一、开放和竞争性大市场的需要，我国反垄断法把反垄断执法作为中央事权，明确规定由国务院规定的承担反垄断执法职责的机构负责反垄断执法工作。这即是说，地方各级人民政府及其有关部门均不享有反垄断行政执法权。然而，考虑到我国辽阔疆域，人口众多，如果所有案件全部由国务院反垄断执法机构来处理，工作量势必太大，反垄断执法机构事实上也不可能有足够的时间进行反垄断调查，反垄断执法工作就会成为一句空话。因此，反垄断法第10条第2款规定，国务院反垄断执法机构根据工作需要，可以授权省、自治区、直辖市人民政府相应的机构负责有关反垄断执法工作。这即是说，省、自治区、直辖市人民政府的相关机构虽然没有执行反垄断法的职责，但它们可在国务院反垄断执法机构授权的范围执行反垄断法，例如授权处理省、自治区、直辖市行政区域具有限制竞争影响的案件。
