反垄断法草案三次审议稿提请十届全国人大常委会第二十九次会议审议通过草案明确规定国务院设立反垄断委员会。如何规定反垄断机构的设置，是反垄断法的一个重要内容。
草案明确规定国务院设立反垄断委员会，负责组织、协调、指导反垄断工作。并明确了反垄断委员会履行的职责，包括：研究拟订有关竞争政策，组织调查、评估市场总体竞争状况并发布评估报告，制定、发布反垄断指南，协调反垄断行政执法工作等职责。
考虑到建立全国统一、竞争有序的市场体系的要求和反垄断执法的特点，草案规定由国务院规定的承担反垄断执法职责的机构负责反垄断执法工作。为了便于严格统一执法，草案还规定了国务院反垄断执法机构根据工作需要，可以授权省、自治区、直辖市人民政府相应的机构，依照本法规定负责有关反垄断执法工作。
此外，草案对反垄断执法机构调查涉嫌垄断行为的程序、要求以及可以采取的措施等也作了具体规定。
反垄断执法机构可以进入被调查的经营者的营业场所或者其他相关场所进行检查;询问被调查的经营者、利害关系人或者其他有关单位和个人，要求其说明有关情况;查阅、复制被调查的经营者、利害关系人或者其他有关单位和个人的有关单证、协议、会计账簿、业务函电、电子数据等文件、资料;查封、扣押相关证据;查询经营者的银行账户等。
