随着我国反垄断执法力度的加大，尤其是一些外国企业成为反垄断调查和处罚的对象，国际上出现了一种声音，质疑中国反垄断执法专门针对外国企业，即存在所谓的选择性执法和贸易保护主义的问题。这种说法，既无法律依据，也不符合现实情况。
《反垄断法》作为市场竞争行为的基本规则，属于行为规制法，原则上应当适用于所有的垄断行为，而不因行为主体自身诸如国籍、所有制、法律形式、所在领域等方面的差别有所不同。实际上，《反垄断法》所确立的市场竞争规则正是平等适用于各类市场主体的，包括国内企业和国外企业、国有企业和非国有企业。
《反垄断法》的一个重要特点是，其所规制的垄断行为多数属于结构性行为，即经营者具有某种市场支配地位才能实施相应的行为(滥用市场支配地位行为)，或者实施某种行为(集中行为)后要达到一定的市场规模才受到控制。即使垄断协议不要求其主体以具有某种市场结构作前提或结果，但在很多国家，反垄断法律、法规对中小企业的某些联合行为是予以豁免的。因此，尽管《反垄断法》并不必然反对大企业，但是相对而言，大企业往往受到更多的约束和规制。由于跨国公司在资金和技术等方面较之国内企业占有很大优势，具有更大的规模和更强的实力，更容易在市场上取得支配地位，并且在事实上也存在一些明显的垄断行为。因此，我国反垄断执法部门对跨国公司垄断行为开展调查，属于正常情况，完全符合《反垄断法》的规定，而且仅针对垄断行为本身。
我国反垄断执法普遍依据举报启动，不存在选择性执法或者贸易保护主义的问题，与企业的性质无任何关系。截至目前，国家工商总局立案和授权省级工商局立案调查垄断案件总数39件，其中外资企业案件2件，仅占案件总数5%，其他37件案件当事人为国有企业、私营企业、行业协会等；国家发改委查处企业及行业协会组织共计335家，其中外资企业33家，仅占其查处企业总数的10%。
面对上述情形，国际社会也不乏理性的声音。在第八届夏季达沃斯论坛上，世界经济论坛主席克XX指出：“只要这些调查以公平、透明的方式进行，且并非旨在打击外资企业，我觉得这是必须要接受的。在中国做生意的外资企业应该认识到，在中国做生意和在其他国家没有任何区别，外企应该和中国执法部门合作，尊重并遵守中国法律。”
事实上，美国、欧盟等地的反垄断执法也涉及大量外国企业，处罚非常严厉。因为一些外国企业被调查，就批评中国的反垄断执法是选择性执法、贸易保护主义，这本身既不公正，也无任何法律和事实依据。
尽管中国目前确实存在国有企业的垄断问题，但不能据此即指针对外企的反垄断执法不公平，所有企业在《反垄断法》面前都应一视同仁。事实上，我国的反垄断执法也越来越多地涉及对国有企业的调查和处理。
