反垄断执法的专业性和技术性都很明显，判断标准问题复杂。反垄断调查案件的类型不同，其判断标准以及对裁决的分析说理的要求也不同。一般说来，对滥用市场支配地位案件，由于无一例外地要坚持“合理分析”原则，因此需要按照《反垄断法》这方面制度的分析框架，进行充分的分析论证，即从界定相关市场开始，认定经营者是否具有市场支配地位，在具有市场支配地位的情况下进一步判断其行为是否构成滥用行为(包括是否具有正当的理由)，在滥用行为构成的情况下进一步确定其应承担的法律责任。在这一过程中，每一环节都涉及大量的分析判断，专业性非常强，需要根据《反垄断法》的相关原则和具体规则作出相应判断。例如，《反垄断法》第十八条规定，认定经营者具有市场支配地位，应当依据下列因素：该经营者在相关市场的市场份额，以及相关市场的竞争状况；该经营者控制销售市场或者原材料采购市场的能力；该经营者的财力和技术条件；其他经营者对该经营者在交易上的依赖程度；其他经营者进入相关市场的难易程度；与认定该经营者市场支配地位有关的其他因素。而对垄断协议案件，尤其是其中的横向垄断协议案件，多数实行所谓的“本身违法”原则，因此调查的主要任务是发现违法的事实，一旦违法事实确定，法律层面的判断就不是很困难，对该行为的分析论证一般没有过高的要求。
在垄断行为成立的情况下，在具体处理时也涉及对行政处罚自由裁量权的把握。《反垄断法》第四十六条、四十七条规定，对垄断协议和滥用市场支配地位行为的罚款幅度是上一年度销售额百分之一以上百分之十以下。同时，第四十九条规定，反垄断执法机构确定具体罚款数额时，应当考虑违法行为的性质、程度和持续的时间等因素。因此，具体的罚款幅度的确定需要考虑多种因素，这也符合强调法益均衡的行政法比例原则。此外，该法第四十六条第二款还规定，经营者主动向反垄断执法机构报告达成垄断协议的有关情况并提供重要证据的，反垄断执法机构可以酌情减轻或者免除对该经营者的处罚。因此，确定罚款幅度时还需要考虑到经营者在调查过程中的配合与立功等因素。通常，对第一个主动报告或者检举的经营者还可以免予罚款。
在反垄断执法中，被调查和处罚的经营者有相应的救济途径。反垄断执法机构作为国家行政机关通过调查和认定垄断行为作出的处理决定属于具体行政行为，相对人如果认为该具体行政行为侵害其合法权益，依法可以通过行政复议和行政诉讼两种救济途径维护其合法权益。《反垄断法》第五十三条规定，对反垄断执法机构依据本法第二十八条、第二十九条作出的决定不服的，可以先依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法提起行政诉讼。对反垄断执法机构作出的前款规定以外的决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
作为权利，当事人可以选择行使，也可以选择放弃。目前的情况是绝大多数被处罚的经营者放弃了这一救济权利。至于放弃的原因，可能存在多方面的情况。例如，知道自己行为明显违法，启动这些程序也不会改变结果；程序复杂烦琐，费时费力，不愿牵扯过多精力等。
