肯定电子格式合同的效力是世界发展的一种趋势，但是为了实现法律的终极目的——公平，就需要在公平与效益之间寻求一个支点来平衡两者，而对电子格式合同的效力进行限制也就成为了一个必然选择。对电子格式合同的限制可从实体和程序两个方面来考虑。
(一)实体上的限制
对于实体方面的限制，本文认为合同法上的相关规定已足矣。如果在格式合同的内容方面克以过多的限制，过多的干预破坏了当事人之间的自治，与合同自由订立规则的思想相违背，而且与格式合同所追求的目标背道而驰。
(二)程序上的限制
电子格式合同效力的限制应该着重从程序上来考虑，也即重点关注格式合同订立过程中格式合同提供方应履行的义务。《合同法》第39条规定：“采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提请对方注意免除或者限制其责任的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。”这里对“合理的方式”未作出具体的规定，不易操作。对此，本文认为提请消费者注意达到合理的程度，可以从文件的表现形式、提醒注意的方法、提醒注意的时间和程度四方面来考察。
第一，文件的表现形式：应使相对人知道它是合同条款。在浏览页面购买商品时，卖方以合同文本的形式表现订立合同的内容，供消费者点选和点击同意。这种表现形式应该是符合要求的。但是，页面上的某些规定或提示是以声明、通知等形式发布的，是否能成为合同条款，则要具体分析。该提示如能明确表明它是合同条款，与消费者所要订立的合同是一个整体，则可以作为格式条款。否则，合同的提供方不能将该提示作为合同的条款。
第二，提醒注意的方法：应使相对人知道它的存在。提醒注意的方法可以是多样的，但必须能引起具有合理注意能力的消费者的注意。提醒的方式应以个别提醒和明示提醒为主。在消费者购买过程中，合同条款的全部内容应当出现在页面上，提醒注意的语言文字要清晰明白，标志醒目。
第三，提醒注意的时间：应当在合同订立之前或订立之时作出。在消费者作出点击“同意”之前，所有条款均应告知。因此，某些网络商家在消费者作出承诺之后，又告知消费者若干义务，该义务不能作为合同内容，因为在合同成立之后，未经相对人同意，单方不能变更合同。
当然，合理提请对方注意是必须履行的义务，但是即使提请注意达到了合理的程度，消费者没有时间去审查这些条款，那么这种提醒也是无济于事的。因此，除合理提醒消费者注意外，还要保证消费者具有审查的机会，是否具有这样的机会应从以下几点判断：
第一，合同条款能引起相对人的注意并允许其审查。引起消费者的注意是条件，允许其审查是结果。所谓允许审查，是指消费者能看到合同的内容并有权作出是否缔约的决定。允许审查是进行审查的前提性条件。
第二，合同的提供人应保证相对人有审查的合理时间。例如，商家在有关页面上有“法律声明”之类的栏目，允许消费者在浏览页面时查看或将合同内容设置为消费者购物的必经环节，以保证消费者有充分的时间去审查。
第三，相对人审查合同的时间：合同的提供人应保证相对人在订约之前或订约之时有审查的机会;如果某一条款只有在当事人负有付款义务或履约之后才能审查的，则只有在相对人如拒绝该条款时有退还请求权的情况下，视为具有审查机会。
