税务检查和其他检查工作一样，因检查时间、检查对象以及检查范围的不同而采取不同的检查方法。按照划分依据的不同，税务检查方法主要有以下几种：
(一)从税务检查的内容和范围的角度来划分，税务检查方法有全查法和抽查法。
所谓全查法，又称详查法，是税务机关对被查单位在检查期内的所有会计资料进行全面、系统而详细的检查，以检查纳税人是否严格履行纳税义务的一种方法。这种检查方法适用于那些经济业务比较简单、会计核算资料不多但账目混乱、不能按照税务机关的要求办理纳税申报或缴纳税款的少数单位。其优点在于能全面发现企业存在的涉税问题，检查工作彻底，但存在工作烦琐、浪费人力的缺陷。
所谓抽查法，又称选查法，是与全查法相对而言的，指税务机关对被查单位在检查期内的部分账簿、凭证等会计资料进行有选择性的检查，找出疑点、查处问题的一种检查方法。这种方法适用于经营规模大、经济业务复杂、且账证比较健全的企业，通过检查这些企业的部分资料，如会计报表，对这些资料进行分析，寻找检查线索，发现企业存在的问题。其优点在于能在短时间内发现企业存在的问题，节省检查时间，但对检查人员的素质要求高，善于发现问题，否则容易遗漏。
(二)从税务检查实施的先后顺序来划分，税务检查方法有顺查法和逆查法。
所谓顺查法，又称正查法，是税务机关按照企业会计核算的程序，从原始凭证开始，依次对记账凭证、账簿、会计报表进行检查的方法。这种方法与上述全查法类似，主要适用于对经营规模小、账目混乱、核算水平低的企业检查。其优点在于检查全面而彻底，可以系统了解企业核算的全过程，便于发现疑点问题。但这种检查方法比较烦琐，浪费时间，影响检查进度，体现不了重点。
所谓逆查法，又称倒查法，是相对于顺查法而言的，是税务机关采取的从审查分析会计报表或部分总账入手，逆向地审查总账、明细账、记账凭证、原始凭证的一种检查方法。这种方法适用于所有类型的企业，是税务机关常用的一种检查方法，其优点在于能迅速抓住检查重点，将问题查深查透，加快检查进度。但由于检查面窄，往往容易漏掉有问题的地方，而是检查工作不彻底，检查效果不佳，因而在实际工作中往往于抽查法结合使用。
(三)从税务检查实施的地点来划分，税务检查方法有实地检查法和调账检查法。
所谓实地检查法，就是税务检查人员亲自到企业核算地进行纳税检查的方法。这种检查方法比较常用。所谓调账检查法，就是税务检查人员将检查对象的所有会计核算资料调回税务机关进行检查的一种检查方法。这种检查方法一般适用于存在问题比较严重、必须进行全面系统检查的企业。但必须注意的是，税务机关外调被查单位的会计核算资料时，必须依法开具清单。
(四)从会计指标的不同运用来划分，税务检查方法有比较分析法和控制计算法。
所谓比较分析法，就是将企业检查期内各经济指标的实际数与历史数据、计划数据、或同类企业相关数据资料进行对比，寻找检查线索，实施税务检查的一种方法。比如，通过对比销售收入、费用情况，就可以发现纳税人应税销售额变化的原因。但在实际运用时，应注意指标的可比性，对比口径必须保持一致。此方法适用于会计核算比较健全、会计资料健全的企业检查。
所谓控制计算法，就是利用各经济指标之间的相关性、制约性，来检测企业账面资料或纳税资料是否正确的一种方法。具体做法有：
1、以产定销。即根据被查单位的实际生产量、库存量来核定其应实现的销售额与实际销售额是否相符，如有误差，则查找原因，深入检查。
2、以耗定产。即根据被查单位产品的单位原料消耗量来测定检查期实际应消耗原料量与实际消耗是否相符，以寻找检查线索。
以上两种方法一般只是作为寻找检查线索的途径，在实际检查工作中，往往必须与其他方法使用结合起来运用。[page]
(五)从税务检查的信息来源来划分。包括账面检查法与非账面检查法。
账面检查法就是税务机关通过对企业账簿的检查，来检查纳税人履行纳税义务情况的一种检查方法。
非账面检查法就是税务机关通过其他方式，获取被查单位信息，进行税务检查的一种方法。它具体包括：观察法、查询法、外调法等等。
所谓观察法就是税务检查人员通过深入企业的生产经营场所，实地观察企业的产、供、销各环节的运行，从中发现问题，着手检查的一种方法。
所谓查询法就是税务检查人员根据掌握的、和有关人员所反映的情况，通过询问调查的方式，取得所需资料或证实有关问题的一种检查方法。但是运用此方法必须注意在查询过程中作好笔录，在查询过程中作到有的放矢，避免打草惊蛇。
所谓外调法就是税务机关就对产生怀疑的外来凭证或往来款项，通过外调取得证明的一种检查方法。比如，当前税务机关采取的增值税专用发票交叉稽核就是这种方法的运用。外调检查可以派出检查人员外调，也可以以文书的形式函调，但必须注意将外调的结果做好详细的记录，取得的资料必须能作为日后的考察资料。
(六)从税务检查入手的角度不同来划分，包括联系检查和侧面检查。
所谓联系检查法就是税务检查机关根据被查单位的账面资料、依照会计核算原理，利用各账户之间、账表之间、账实之间的相互制约关系进行税务检查的一种方法。这种检查方法既适用于会计核算健全的企业检查，也适用于账目混乱、核算不健全的企业检查。其优点在于检查全面彻底，但存在工作烦琐、耗费时间长的缺陷。
所谓侧面检查法就是税务机关根据平时征管工作中所掌握的情况和有关人员的来信反映，有针对性地开展税务检查的一种方法。这种检查方法容易发现问题，但是有一定局限性，必须结合其他方法同时运用。
