办理徇私舞弊不征、少征税款案件过程中，除上述“徇私”、“税款范围”认定上的困难外还存在如下困难：
1、找准突破口难。
查办徇私舞弊不征、少征税款案需要丰富的税收知识。由于渎检人员对税收知识掌握不够，认识不足，对犯罪问题、犯罪手段、做案环节的认识不清，对相关税法法规、职权范围、工作程序不熟悉，要想找准突破口比较困难的。
2、取证难。
首先,在侦查过程中，来自各方的阻力也常影响侦查突破的进度。这些阻力主要来自于涉嫌犯罪的税务机关工作人员本身，他们往往利用其特殊地位及影响，通过千丝万缕的社会关系形成一张庞大的“阻力网”。其次,其所在的国家税务机关往往出于政治影响、社会形象等方面的考虑，对内部干部出现问题总想“大事化小，小事化了”，“捂盖子，掩家丑”，从而也会给办案带来一定的阻力，比如不配合、不让查阅、复印材料，甚至找借口干扰检察机关的调查取证工作。再次,在侦查过程中，这类案件经常会发生犯罪嫌疑人翻供、证人翻证的现象，由于这类犯罪案件，证人与犯罪嫌疑人往往是共同利益人，该证人往往又是受益人，证词的内容也可能会造成 “双输”的不利后果，因而犯罪嫌疑人、证人都不愿承担，从而造成翻供、翻证的出现，给查实固定证据带来困难。
3、处理难。
根据《刑法》规定，对国家机关工作人员渎职犯罪，立法体现的是从严处罚的精神，但在实际执行中处刑较轻，多数被不诉，或被判处缓刑甚至免予刑事处罚。这说明“阻力网”起了一定的
作用，确实存在处理难的情况。
