一、科研机构转制问题
（一）中央直属科研机构以及省、地（市）所属的科研机构转制后，凡符合企业所得税纳税人条件的，自1999年10月1日起至2003年底止，免征企业所得税。
（二）上述所指科研机构不包括1999年10月1日以前已经转制、已实行企业化管理和已并入企业的科研机构，也不包括所有从事社会科学研究的科研机构。
（三）享受上述企业所得税优惠政策的科研机构，需持转制变更后的企业工商登记材料报所在地主管税务机关，并按规定办理有关减免税手续。
（四）转制的科研机构隶属关系如有变更，变更后企业所得税的收入归属、征收管理范围、欠税处理和税务变更手续，比照《国家税务总局关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构转制后税收征收管理问题的通知》（国税发[1999]135号）的有关规定执行。
二、软件开发企业的工资税前扣除问题
（一）软件开发企业实际发放的工资总额，在计算应纳税所得额时准予扣除。
（二）上述所指软件开发企业必须同时具备下列条件：
1.省级科学技术部门审核批准的文件、证明；
2.自行研制开发为满足一定的用户需要而制作用于销售的软件，软件产品的形式是记载有计算机程序及其有关文档的存储介质（包括软盘、硬盘和光盘等）；
3.以软件产品的开发生产为主营业务，符合企业所得税纳税人条件；
4.年销售自产软件收入占企业年总收入的比例达到35％以上；
5.年软件技术转让收入占企业年总收入的比例达到50％以上（须经技术市场合同登记）；
6.年用于软件技术的研究开发经费占企业年总收入的5％以上。
三、社会力量资助科研机构、高等学校的研究开发经费税前扣除问题
（一）社会力量对科研机构、高等学校研究开发经费的税前扣除，是指企业单位（不合外商投资企业和外国企业）、事业单位、社会团体、个人和个体工商业户（下同），对非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费的资助。
（二）企业单位（不含外商投资企业和外国企业）、事业单位、社会团体在缴纳企业所得税时，经主管税务机关审核确定，其资助支出可以全额在当年应纳税所得额中扣除。当年度应纳税所得额不足抵扣的，不得结转抵扣。
（三）个人的所得（不含偶然所得，经国务院财政部门确定征税的其他所得）用于资助的，可以全额在下月（工资、薪金所得）或下次（按次计征的所得）或当年（按年计征的所得）计征个人所得税时，从应纳税所得额中扣除，不足抵扣的，不得结转抵扣。
（四）社会力量资助研究开发经费的支出，是指纳税人通过中国境内非营利的社会团体，国家机关向科研机构和高等学校研究开发经费的资助。纳税人直接向科研机构和高等学校的资助不允许在税前扣除。
（五）企业等社会力量向科研机构和高等学校资助研究开发经费申请抵扣应纳税所得额时，须提供以下资料：
1.中国境内非营利的社会团体、国家机关出具的收到资助资金和用途的书面证明；
2.科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺的项目计划；
3.科研机构和高等学校开具的资金收款证明；
4.税务机关要求提供的其他相关资料。纳税人不能提供以上资料的，税务机关不予受理。
