由于行政权与司法权的内容不同，其价值取向也相异。行政程序主要追求效率性，而司法程序主要追求公正性。
行政证据是行政主体在行政执法程序中为了作出具体行政行为，根据行政法律规范所设置的事实要素，而收集、运用证明特定相对人法律行为或事实的材料。而行政诉讼证据是在行政诉讼中能够证明具体行政行为是否合法的一切事实和材料。两者在性质、目的、范围、证明对象、调查取证的阶段等方面是有很大的区别的。
第一，性质不同。从性质上看，行政证据具有行政执行性，属于行政程序制度的内容;行政诉讼证据具有司法审查性，是司法制度的重要组成部分。具体来说，行政证据的调查收集主体是行政机关，而行政诉讼证据的调查收集主体是法院。前者是行政机关运用行政权调查收集的事实和材料，后者主要是法院运用审判权调查收集的材料。行政证据主要是形成性证据①在行政机关作出具体行政行为之前，公民、法人或者其他组织之间不存在现实的行政法律关系。行政证据的作用正是为了证明公民、法人或其他法定的权利义务的真实性，证明行政法律关系各个构成要素的客观性。而行政诉讼证据主要是审查性证据，②是对已经使用过的证据进行复查，以查明是否存在不合理或不合法的情况。由此可见，行政证据和行政诉讼证据是两种不同性质的证据。
第二，目的不同。从目的上看，行政主体使用行政证据的目的是把国家法律、法规、规章正确的实施于相对人，也就是说之所以要调查、运用证据，是为了令国家机关行使其法定的管理权力，即行政主体在行政程序中运用证据的目的是为了确保其做出的行政行为合法适当。行政诉讼证据则是要证明行政机关所作出的具体行政行为的正确性，即确认行政机关行为的合法性。而且行政相对人运用证据的目的也各不相同。行政相对人在行政程序中运用证据的目的是为了取得有利地位，比如取得行政许可证和营业执照或者免除某种义务。行政相对人运用行政诉讼证据的目的是为了胜诉。法院运用行政诉讼证据是为了查明案件事实，准确地作出裁判。
第三，范围不同。行政证据仅限于作出行政决定，实施行政行为的客观事实根据。例如，行政处罚证据仅限于作出行政处罚的客观事实根据，即能够证明应受行政处罚的违法行为案件的证据，而不包括行政处罚的适用过程及处罚决定文书等证据。但是在行政诉讼证明中，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第32 条的规定：“被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。”可见，行政诉讼证据不仅指相对一方当事人违法的证据(具体行政行为的事实依据) ，而且也包括作出具体行政行为的实体内容和程序过程及相关的法律文书，另外还包含了法律论据即规范性文件。可见，行政诉讼证据范围比行政证据范围要广泛得多。
第四，证明对象不同。行政证据的证明对象是行政事务，范围广泛，行政证据所要证明的是行政法律事实，既包括事实根据，也包括能引起行政法律关系产生、变更或消灭的法律事实。但是对于行政主体的具体行政行为是否合法适当的证据，行政主体是不侧重的。一般讲，行政主体收集到证据以做出行政行为，它不再刻意收集证明这些行政行为是否合法的证据，而诉讼证据的证明对象是与被诉具体行政行为合法性有关的事实。这既包括实体问题，也包括有关的行政诉讼程序问题的，如期限、管辖等、管辖等。总的说来，在行政诉讼证据中，一类是与行政证据有承接关系的，另一类是没有关联的。
第五，调查取证的阶段不同。行政证据的调查取证不仅只能发生在行政诉讼程序启动之前，而且只能严格限定在行政机关作出具体行政行为之前这一阶段。这是由行政合法性原则和“先取证、后裁决”的程序规定所决定的。而行政诉讼证据的调查取证虽发生在行政诉讼程序启动之后，但一般应界定在从法院立案到第一审诉讼程序庭审结束前这一阶段，二审法院在审查被诉行政行为合法性时，一般不重新调查、收集行政诉讼证据。
