司法会计鉴定是侦察活动的重要组成部分，因此，必须按诉讼的有关规定进行。司法会计鉴定的程序是否合法，将直接影响到鉴定结论的证明效力。根据实践中形成的惯例和刑事诉讼法的精神，司法会计鉴定一般要经过鉴定的指定、进行鉴定和作出鉴定结论三个必要的程序。
(一)鉴定的指定
鉴定的指定包括鉴定的指出、选用司法会计鉴定人、发出鉴定通知书和送交鉴定材料等内容。司法人员在决定鉴定并选择好人员后，和聘请的司法鉴定的会计师事务所签定鉴定通知书，并提供相关的资料。
(二)进行鉴定
司法会计鉴定人员接受鉴定任务后，应在指定地点进行鉴定，不得将鉴定资料带出指定地点。司法会计鉴定人员可以通过以下方式进行：
1. 分析、检查送检的会计资料;
2. 检查被告所在单位的会计资料。如果需要从中调取有关的凭证，应由侦察人员进行，而不能由司法会计鉴定人员直接调取;司法会计鉴定人员还可参加侦察活动中的勘验检查，并在勘验检查笔录中注明;
3. 询问被告人。在询问过程中，应有侦察人员在场，有侦察人员主持进行询问，司法会计鉴定人员不能单独询问被告人;
4. 要求进行笔记鉴定。对于提供的会计资料有涂改伪造的痕迹，司法会计鉴定人员为了明确责任，以利进行正确的判断，可要求司法人员对凭证等会计资料进行笔迹鉴定。
5. 要求司法人员提供新的资料。在鉴定时，发现鉴定通知书中所列问题仅靠提供的材料不能作出判断时，可要求侦察人员提供有关的其他资料。
(三)作出鉴定结论
司法会计鉴定人员在进行上述活动后，运用专业知识对案件中的会计问题进行推断评判，作出司法鉴定结论，出具司法鉴定报告。根据分析论证结果，结合委托鉴 定的内容，作出财务事实性结论。结论只能回答事实问题，不能回答法律问题，结论一般包括：财产使用权转移的事实及金额，财产所有权转移的事实及金额，财产 灭失的事实及金额，经营数额和获利数额等。
(四)司法会计鉴定报告的补充和修改
司法会计鉴定书经司法人员审查后，如认为鉴定书的内容不完整或有其他情况，应要求司法会计鉴定人员对其补充或修改。
1. 司法会计鉴定书措辞不确切，或对有关法律事实进行评论;
2. 司法会计鉴定书没有解决鉴定通知书中提出的所有问题;
3. 由于司法会计鉴定人员的疏忽，鉴定书中的数据计算有误或笔误;
4. 司法人员在侦察中发现被告人有新的犯罪线索，或取得新的证据。
