一、船舶抵押权人可以约定实现抵押权的情形
《物权法》第179条规定，当债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，债权人有权就该财产优先受偿。船舶抵押权人可以和抵押人约定除了“债务人不履行到期债务”以外的实现抵押权的情形，如约定当债务人有其他的违约行为或经营不善将影响到债务人的履约能力时、显著的船舶市场行情下降将影响船舶抵押权实现的额度、显著的船况下降将使船舶出现优先权和船舶留置权的可能性增加等情形出现时，船舶抵押权人可以实现债权。这更加有利于保护船舶抵押权人。
二、船舶抵押权人可以放弃抵押权或者抵押权的顺位
《物权法》第194条规定抵押权人可以放弃抵押权或者抵押权的顺位。据此，船舶抵押权人虽然可以放弃船舶抵押权或者船舶抵押权的顺位，但要注意这样可能会影响到其他担保人。根据《物权法》第176条的规定，如果一债权上有两个或者两个以上担保的，当事人之间如无约定，债权人应先对债务人提供的担保先实现债权。因此，在这种情况下船舶抵押权人放弃了债务人提供的担保就会影响其他担保人的利益，导致抵押权人的放弃行为无效或者部分无效。
三、船舶抵押权人可以约定主债权转让的，船舶抵押权不一并转让
《物权法》第192条规定抵押权不得与债权分离而单独转让或者作为其他债权的担保。债权转让的，担保该债权的抵押权一并转让，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。从该条的表述理解，船舶抵押权人可以和船舶抵押人约定主债权转让的，船舶抵押权不一并转让，但不能约定抵押权与主债权分离而单独转让或者将船舶抵押权作为其他债权的担保。当债务人履约能力和资信较好并且抵押人和债务人为同一人或者具有关联关系的情况下，抵押权不与主债权一并转让是可能实现的。未与主债权一并转让的抵押权可以作为其他债权的担保，通常是原债务人或者是原抵押人与原债权人之间的其他债权。
四、船舶抵押权人可以行使撤销权
《物权法》第195条规定，抵押权人可以与抵押人协议实现抵押权，但协议损害其他债权人利益的，其他债权人可以在一年内请求人民法院撤销该协议。如果一船舶上存在着两个或者两个以上的抵押权，船舶抵押权人与抵押人协议约定实现抵押权可能会损害优先顺位抵押权人的利益。因此受损害的船舶抵押权人就可以通过行使撤销权来保护自己的利益。
