一、信贷资产质量差
基层商业银行由于历史性、政策性原因形成的不良贷款已拖欠多年，从实际占用形态看已经形成呆帐，只是商业银行上级行尚无相应的政策规定，无法进入呆帐或进行核销。如农业银行扶贫专项不良贷款、粮食企业附营业务不良贷款，大部分是由农业发展银行两次业务划转贷款划转而来。再是部分企业有的已名存实亡、有的处于停产或半停产境地、有的商业企业如基层供销社划小核算单位后已处于自然解体状态。这部分债权落实贷款责任难度大，且手续复杂，收回比例极低。
二、清收手段单一
基层商业银行清收不良贷款的主要手段就是对员工考核时进行绩效挂钩，这种办法对金额小、清收较易的不良贷款效果明显。而对那些清收难度大、金额高的不良贷款，却很难奏效，有些干部职工畏难而退，消极观望，宁肯遭受暂时的经济损失，也不愿坚持原则，去啃硬骨头、打硬仗。
三、贷款责任落实不到位，致使不良贷款清收工作难度加大
前几年，商业银行的授权授信和内控制度建设不健全，信贷管理松散，漏洞较多，各级商业银行都不同程度地存在抵押担保和物质保障不足等问题。这部分贷款既有信贷审查不严，对资信条件不符合要求的企业贷款，也有对未办理任何抵押、质押、担保手续的扶贫贷款。在最初形成不良时，由于信贷管理没有及时跟上，本息积欠如滚雪球一样越滚越大，致使商业银行信贷资产质量越来越差。近几年，商业银行虽然通过各种清收手段，进行清理整顿，并对不良贷款责任进行了落实，但由于缺乏有效可行的责任追究办法，而最终造成不良贷款清收无实质性进展。
四、贷款客户信用观念差，致使依法保全信贷资产难
大部分贷款客户受信用环境中不良因素的影响，不讲信誉，产生逃废金融债务行为，有的恶意破坏和银行之间的信用关系，不图发展，能拖则拖，更有甚的是转移其有效资产，致使银企关系进一步恶化，也有相当部分企业在还贷无望的情况下，人为拖欠或拒绝归还银行贷款本息。同时，在依法保全信贷资产执行过程当中，法律部门执法力度较弱，商业银行在起诉收贷案件时往往是动用大量的人力、物力和财力，但实际收到的效果确不理想。多数不良贷款仍然在收回的执法过程当中半途而废，造成依法清收不良贷款作用有限。
五、信贷结构失衡，致使国有商业银行信贷投入萎缩
基层商业银行的经营管理人员仍存有“惜贷”思想，再加上受上级行授权授信责任追究等制度的制约，基层商业银行基本上不发放新的贷款，就是发放贷款，也只是小额质押贷款和个人住房消费额度贷款。对那些仍有前途但暂经营困难的企业，不敢给予支持。多数基层行采取存款全部上存的办法，导致资金流向经济发达地区，而本辖区信贷资金需求不能有效满足，形成了当地企业效益越来越差，信贷资金越来越难收回，银行信贷资产质量越来越低的恶性循环。
