一、抵押登记内容与抵押合同约定不一致
在抵押贷款的实践中，有的银行很注意抵押合同的内容但是忽视了抵押登记的具体要求，以致抵押登记内容与抵押合同约定不一样。如银行与甲公司、乙公司签订了一份抵押担保借款合同。合同约定，由银行向甲公司发放贷款若干，由乙公司以其正在建设的两幢写字楼及其所附着的地块的土地使用权为该贷款提供抵押担保。为保证抵押确实有效，银行要求乙公司办理抵押登记，并将乙公司写字楼及附着土地的使用权一并抵押的事项在报纸上予以公告。但事后，银行从乙公司提供的登记文件看，乙公司只将写字楼所附着的土地使用权设定抵押登记，而未将两幢写字楼办理抵押登记。此处发生了抵押登记与抵押合同的效力何者优先的问题。
根据《担保法》有关规定，以房屋等地上附着物或土地使用权设定抵押的，应当办理抵押物登记，抵押合同自登记之日起生效。由此可见，登记是抵押合同的生效要件。该案中双方签订的抵押合同约定，将乙公司在建的两幢写字楼及其所附着之土地使用权一并设定抵押。但在办理抵押登记中，两幢写字楼未被列入抵押登记的范围。那么合同中有约定而未被登记记载的抵押物是否生效?对此最高人民法院颁布的《关于适用担保法若干问题的解释》第61条明确规定：“抵押物登记记载的内容与抵押合同约定的内容不一致，以登记记载的内容为准”。鉴于此，合同项下的有关对在建的两幢写字楼的抵押，因未依法登记而不能产生效力，银行的合同项下拥有的抵押权存在一定问题。
另外，从法理来看，土地使用权与其地上附着物应同时抵押。担保法第36条规定：“以出让方式取得的国有土地使用权抵押的，应当将抵押时该国有土地上的房屋同时抵押。”鉴于本案的情况，依法应将该在建写字楼及其所附之土地使用权一并抵押。而且根据抵押合同的约定，也表露了当事人愿将土地使用权和其在建工程一并抵押的真实意愿。同时，本案中的抵押合同的内容曾在当地日报上予以公告，在一定程度上起到公告的作用。据此，银行可主张登记的抵押权的效力应及于其地上建筑物。但该主张是否能得到法院的支持，有待法院对上述事实及相关证据的认定。司法实践中，法院较为注重抵押登记的效力。
二、登记程序不规范
在房产抵押贷款中还有因登记程序不规范引发纠纷的情形。如有一家企业在于银行签订房产抵押合同时，将有房屋所有权证的厂房和实际拥有的土地使用权却一直未办理土地使用权证的土地使用权一并抵押给银行。该抵押合同在房管部门办理了抵押登记。该企业的土地使用权经过了上级主管部门同意买受的。房产登记机构没有慎重审查申请登记材料，在没有《国有土地使用权证》的情况下，仅凭抵押合同和《房屋所有权证》就办理了抵押登记。该登记是在建设部《城市房地产抵押管理办法》时候办理的，该办法明确规定：以集体所有制企业房地产抵押的，必须经集体所有制企业职工(代表)大会通过，并报上级主管机关备案;办理房地产抵押登记，应当向登记机关交验《国有土地使用权证》、《房屋所有权证》或《房地产权证》等文件。在房产登记部门存在疏漏——缺乏《国有土地使用权证》的情况下办理了抵押登记，此种登记的效力是否应该得到肯定?
有人认为，根据《担保法》的有关规定，房产抵押合同签订后办理了房产抵押登记手续，应当认定抵押登记有效，抵押合同也应该有效。也有的人认为，法院应该从登记程序不规范的角度审查抵押登记的合法性和有效性。
从实践操作来看，这种登记程序上存在瑕疵的抵押手续能否得到法院的认可，存在一定的或然性，因为毕竟缺乏明确肯定其有效性的法律规定。倘若抵押登记无效，从而导致抵押合同无效，则必然导致银行的优先受偿权受损。
三、房产先出租后抵押
房产先出租后抵押，这是房产抵押贷款纠纷中时有发生的欺诈情形。房产所有人先串通第三者，通过合法的形式将房产租赁给第三者，租期较长(例如10年以上)，租金在订立合同时一次付清。然后，将房产抵押给银行取得贷款。该陷阱的迷惑性在于按常规的抵押物审查方法难于发现抵押物是否出租，法律意识不强的信贷员即使发现也未必能识别其中所蕴藏的风险，抵押登记机关对此项内容通常也不予审查。
出租的房产用于抵押的风险性在于，当借款人不能按时归还贷款，而金融机构实现抵押权时，即使抵押权实现，金融机构在房产人与第三者约定的租期内也不能受偿分文。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国担保法>若干问题的解释》第65条明确规定：“抵押人将已出租的财产抵押的，抵押权实现后，租赁合同在有效期内对抵押物的受让人继续有效。”这意味着，抵押权实现后，抵押人(原房屋产权人)与第三者签订的租赁合同仍然有效，无论是银行还是其他的受让人取得抵押房屋的产权，都不能自行与租赁人解除或变更合同，如果此时租金已经一次性付清或租金明显偏低的话，房产的价值肯定要大打折扣，其对银行贷款也就很难谈得上保障性。
四、以未结清建设工程款的房产抵押
以未结清建设工程款的房产抵押，或虽工程款已全付，但串通建筑公司出具未结清建设工程款的材料。对于该种欺诈情形，极为容易被贷款银行的业务人员所忽视。因为有抵押物变卖款项“优先受偿权”，人们通常认为房产抵押了就相当于进了保险柜，这一认识是相当危险的。因为拖欠工程款也对房屋变卖款项享有“优先受偿权”，而且最关键的是，拖欠建设工程款的“优先受偿权”要“优先”于抵押的“优先受偿权”。这正是未结清建设工程款的房产抵押风险之所在。
《合同法》第286条规定，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
五、以集体所有土地上的房产作抵押
以集体所有土地上的房产作抵押的贷款纠纷也时有发生。如位于农村集体土地上的化肥厂欲购买一套化肥生产设备，因资金不足，向银行申请贷款。银行提出贷款须提供担保，化肥厂提出用厂房作抵押担保，双方遂签订了《抵押贷款合同》。该合同规定化肥厂以其房产作抵押向银行贷款100万元，贷款期限为4年。后来，化肥厂因经营不善濒于倒闭，无力偿还银行贷款。银行遂向法院起诉，要求实现其抵押权以清偿化肥厂债务。
根据我国《民法通则》第八十九条第二项规定：“债务人或者第三人可以提供一定的财产作为抵押物。债务人不履行债务的，债权人有权依照法律的规定以抵押物折价或者以变卖抵押物的价款优先得到偿还。”根据上述规定，抵押权的实现方式为折价或者变卖抵押物，并从卖得价金中清偿抵押人的债务。本案是房产抵押纠纷案，抵押标的物是房产，抵押权的实现不论用何种方式，处理抵押物——房产时，都涉及到房屋的地基——土地，即折价或变卖房产必然会附带将土地折价或变卖土地。而本案中化肥厂的房产附属于村集体所有的土地上，按照我国现行法律的规定，集体土地不以能转让。这就会使法院和当事人处于两难境地;若不转让土地，房产无法折价或变卖;若转让土地，又违反法律。
在处理本案时，有人提出了三种方案：第一种方案，在不转移土地所有权的情况下出卖抵押物。具体地说，就是在该土地所在的向阳村的范围内变卖或拍卖该房产。若该村的企业或个人买受该房产，则不发生土地所有权转移问题。出卖所得的价金，优先清偿抵押担保的债权。第二种方案，在国家将抵押人占用的土地征为国有的情况下，将该地块连同其上的建筑物整体出让，然后将出让所得中属于抵押物的那一部分价金付给抵押权人。第三种方案，如果该化肥厂已具备破产原因，可以通过破产清算程序，对该厂进行整体拍卖，然后由清算组及有关当事人办理土地征用和土地使用权出让手续(如果由向阳村购买，则可不办理土地手续)。这样，在破产分配中，银行可以从抵押物的价金中优先受偿;如未获全部清偿，其余部分的债权还可以加入普通债权的清偿分配。
上述三种方案中，第一种方案倒不失为一种简单易行的方法，但这一方案要取决于村内企业和个人的买卖力，还取决于人们对执行抵押的理解与合作程度。因此，在该村实现抵押权的可能性不大。第二种方案，涉及到办理征地审批、征地补偿和人员安置等一系列手续。第三种方案的前提是化肥厂具备破产条件，但从本案案情中并不知道化肥厂是否具备破产条件，如果不具备，则该方案就无从谈起。
此外，还有以在建房产工程作为抵押的、已经抵押的房产再次抵押的担保纠纷。
