新企业所得税法与原企业所得税暂行条例在纳税人的界定上存在较大差异。原条例采用按独立经济核算标准来判定，只要同时具备“在银行开设结算账户，独立建立账簿、编制财务会计报表，独立计算盈亏”等条件，便可作为企业所得税纳税人的判定标准。这样规定就将总机构设立的不具备法人资格的分支机构也作为企业所得税的纳税人，总机构和分支机构各自分别纳税。而新税法实施“法人判定的标准”，对居民企业在中国境内设立不具有法人资格的分支机构采取汇总计算并缴纳企业所得税的办法。这一方法，符合国际惯例，也是发展市场经济、建立现代企业制度的必然要求。但在执行新税法预缴税款的过程中也产生了一些需要探讨并加以解决的问题。
一、新税法总分机构所得税预缴税款管理的主要规定
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》(国税发[2008]28号)的规定，对总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。其汇总纳税基本计算方法可归纳为：一是对属于中央与地方共享收入范围的跨省市总分机构企业，统一计算其总机构和分机构全部应缴纳的企业应税所得额、应纳税额。二是将统一计算后的应纳税额在企业总机构和二级分支机构按比例分摊后分别预缴。总机构按应纳税款的 50%向所在地主管税务机关缴纳税款。二级分支机构按以前年度(1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度)各自经营收入、职工工资、资产总额三因素(权重分别为：0.35、0.35、0.3)分摊剩余的50%应纳税额，并向二级分支机构所在地主管税务机关预缴税款。三是年度终了后，总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除已预缴税款，多退少补。此办法的执行一定程度上解决了分支机构所在地财政利益受损的矛盾，对平衡地区间财力不均和加强分支机构所在地税收征收管理的积极性均具有一定的作用。
二、现行总分机构所得税预缴税款管理运行中存在的主要问题
1、二级分支机构认定标准模糊。按有关规定，总机构应在6月20日前填交《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》给总机构所在地税务主管部门并下发各分支机构，那么对二级分支机构的判定标准就成为一个关键。现行对于企业分支机构层级的判定，规定不十分明晰，没有统一标准和监管措施，这将加大企业偷、避税的可能性。而新税法实施的第一年所确定的企业分支机构纳税体系，又将对以后年度信息的真实性产生重要的参考作用，所以如何及时确定科学的判定标准及可执行的监管措施已成为当务之急。[page]
2、特殊行业实行分支机构按“三因素”就地预缴不尽合理。建筑安装、房地产等特殊行业、加盟店和挂靠单位等特殊分支机构，资产少、流动性强、周期短，很多注册为分支机构的单位，其实质是借用总机构的资质，向总机构缴纳管理费，总机构账面体现的是管理费收入，当地税务机关对其无法监控。如果总机构如再按“三项因素”进行所得税分摊，显然不尽合理。
3、分支机构法律责任无法界定。新税法将法人界定为纳税人，征管法行政处罚条款只针对纳税人进行，分支机构不构成“纳税人”，因而对分支机构出现不按期申报预缴税款等税收违法行为，税务机关对其进行处罚将缺乏相关的法律依据，分级管理尤其是二级以下分支机构的税收管理，将处于尴尬的境地。
4、税务机关对总分机构的情况难以全面了解，缺乏事前监控。由于总分机构大多是跨地域经营、分属不同税务机关管理，企业在异地特别是跨省市设立非法人资格的分支机构，办理税务登记时，只需要提供总机构的税务登记证副本，登记后并不需要在总机构税务登记证副本上添加分支机构信息，纳税人汇总纳税数据资料传递的真实性、预缴税款划分的合理性、分支机构所得是否全额汇总到总机构所在地缴纳，税务机关都无法适时动态准确掌握。因此，若总分机构不如实提供机构管理情况，总分机构的主管税务机关都无法对其经营情况进行直接、全面、有效的管理和检查，给新企业所得税法实施后对异地分支机构的税收管理带来许多困难。
5、税务系统内部对总分机构缺少对税源协作监管的有效机制。从当前税收征管权限划分以及管理的现状来看，总机构及各分支机构很可能会涉及到不同行政区域的多家国、地税机关，全国不同行政区域的国、地税之间还没有能够实现网络连接，即使国、地税各自系统自身的网络能够实现有效连接的也十分有限，给总分支机构有效管理带来困难。
三、进一步完善总分机构预缴税收管理的措施
1、理顺总机构与分支机构的税收征管关系，强化税务登记管理，避免漏征漏管户的出现。汇总纳税的纳税人总分机构多数是跨省、跨地区、跨县(市)而设立的，仅依靠总机构主管税务机关要对各分支机构进行税源监管，难度很大。跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法的核心是解决了总机构如何在跨地区间划分预缴税款，没有解决总分机构之间如何协作加强纳税人的税源监管问题。因此，要借新税法实施之机，对非法人分支机构进行一次清理，以保证总机构与非法人分支机构的主管税务机关一致。在税务登记时，应要求非法人分支机构办理税务登记时，应同时提供核算地主管税务机关出具的汇总缴纳税款资格认定证明。逾期不提供或放弃的，视同弃权，实行就地纳税。[page]
2、明确、细化对二级分支机构及二级以下分支机构的判定标准，统一各地税务机关征管口径。可采用分支机构经营权限、业务范围、企业内部的组织架构层级等作指标为二级分支机构及二级以下分支机构的判定依据，防止总分支机构利用组织结构变化逃避税收监督。
3、制订专门的建筑安装、房地产类企业总分机构税收管理配套制度，按照法人所得税制原则，由总机构统一汇总缴纳企业所得税。同时，加强对外出经营活动环节的管理，提高总机构对挂靠项目的财务核算的监管。
4、对加盟店、挂靠单位、分支机构承包等特殊分支机构，应明确凡其具有独立生产经营权、在财务上独立核算并定期向总机构上缴租金或者承包费的，应当就其生产、经营收入和所得纳税，并接受税务管理。
5、对依法核定征收税款的纳税人不实行汇总纳税制度。国税函[2008]747号规定，跨地区汇总纳税企业的所得税收入涉及到跨区利益，跨区法人应健全财务核算制度并准确计算经营成果，不适用企业所得税核定征收办法。但纳税人财务核算的情况受行业特点、管理水平、企业规模等多种因素影响，少数纳税人财务核算不健全是无法回避的现实。因此，税务机关应建立科学规范的评价体系，对确属核算不健全的纳税人或分支机构可以不实行汇总纳税。
6、建立信息反馈制度，实行年度纳税申报表双向申报复核备案制度。对所有跨地区经营未实行就地预缴的分支机构实行年度纳税反馈制度，凡是未能提供已在总机构统一纳税证明的，由分支机构所在地主管税务机关就地补征税款，以避免由分支机构非法人化而导致的税收流失。
7、建立总分支机构信息网络平台和联合评税制度。完善综合征管软件的企业所得税应用管理功能，特别是结合新税法中新的管理内容与要求，增加如业务招待费、公益捐助、广告费、涉税事项审批等管理功能。借鉴以往企业所得税管理经验，特别是纳税评估信息的分析与应用，在企业所得税信息化建设中应统一规范国、地税企业所得税的管理内容，实现国、地税企业所得税管理信息的共享，以信息化促进同一地区不同管理机关在新税法实施过程中政策把握的一致性，为纳税人提供一个公平的税收环境。
