海关在收到企业反馈的稽查报告之日起30日内作出《海关稽查结论》，并送达企业。稽查结束。海关在稽查中发现企业有走私、违反海关监管规定行为嫌疑的，海关予以立案调查。具体的稽查流程是：
1、通知
海关决定对企业实施稽查时，提前3日将《海关稽查通知书》送达企业，企业收到通知书后应及时与海关联系，并按通知中的稽查范围准备相应帐册、业务单证及有关资料。
当企业有重大违法嫌疑，企业的会计帐簿、会计凭证、会计报表、会计电算化资料、报关单证等有关资料或进出口货物可能被擅自转移或毁弃，以及特殊情况海关认为有必要时，海关可不事先通知企业而径行稽查。径行稽查时海关将《海关稽查通知书》当面送达企业。
2、实施
海关实施稽查时，企业应配合海关稽查工作，其法定代表人或主要负责人或其授权代表应到场，如实反映情况，并提供必要的工作条件。
此阶段，海关稽查人员查阅、复制企业的帐簿、单证等有关资料。企业应按海关要求提供有关资料，协助清点、复制，并在复印件上签字、盖章。企业所在地不具备查阅或复制帐簿、单证等有关资料的工作条件或者其他原因稽查组需要在其他场所进行查阅、复制的，由稽查组制发《帐簿单证调审单》，实施异地查阅或者复制。 当海关稽查人员认为有必要时，可对企业有关人员制作《询问笔录》，企业有关人员应如实回答海关工作人员的提问，询问结束后在《询问笔录》上签字(盖章)。
当海关稽查人员认为有必要的，可对企业的生产经营场所和进出口货物存放场所进行检查。检查时，企业的法定代表人或主要负责人或其授权代表应到场，按照海关的要求开启场所、搬移货物，开启、重封货物的包装。检查结束后，企业应在海关工作人员填写的《检查记录》上签字(盖章)。
当海关稽查人员认为有必要的，可对企业的帐簿、单证等有关资料和进出口货物实施封存。封存时海关出具《封存通知书》，并对帐簿、单证等有关资料和货物加贴海关专用封志。企业在对封存物清点后应当在《封存通知书》所附清单上签字(盖章)。
3、报告
海关稽查人员根据稽查情况撰写稽查报告，并征求企业意见。
企业收到稽查报告后，应在7日内向稽查组提出书面意见，逾期未提交的，视为无意见。
