在国家赔偿程序中，行政赔偿与刑事赔偿另一个重大区别是在审理机构方面，行政赔偿适用行政诉讼法的行政诉讼程序，由人民法院的行政审判庭审理；刑事赔偿则是由人民法院特别设立的赔偿委员会审理。按照国家赔偿法规定：“中级以上的人民法院设立赔偿委员会，由人民法院三名至七名审判员组成。”
这是因为刑事赔偿涉及的国家机关较为复杂，其中，既有主持赔偿争议解决的人民法院，也有对法律实施进行监督的人民检察院。人民法院既是赔偿义务机关，又是主持解决赔偿争议，决定是否赔偿的机关。尽管主持解决赔偿争议的人民法院和履行赔偿义务的人民法院并非同一个人民法院，但他们毕竟同在人民法院系统，这似乎有悖于“任何人不得为自己案件的法官”这古老的公正法则。同时，人民检察院本是对法院审判活动实行监督的机关，而在刑事赔偿中。人民检察院则要作为当事人接受人民法院的审判。这些特殊情况决定了刑事赔偿不能作为一般的案件对待，由人民法院既设的任何一个审理机构处理。因而，国家赔偿法确定了刑事赔偿由人民法院特设的赔偿委员会来处理。 但是，无论是行政赔偿，还是刑事赔偿，既然是应赔偿请求人的请求对赔偿争议进行裁决的司法活动，就应当遵守司法程序的一般规则，赔偿的一般程序是：
(1)提出赔偿请求，要求赔偿应当递交申请书，申请书应载明受害人的自然状况、具体的要求、根据和理由；
(2)合议。无论是行政审判庭，还是赔偿委员会，都采取合议的方式实行少数服从多数的原则审理案件；
(3)作出是否赔偿的裁决。赔偿委员会作出赔偿决定，是发生法律效力的决定，必须执行，行政诉讼中的赔偿判决，则依行政诉讼法规定的程序，当事人有权上诉。
可申请国家赔偿的情况
根据最高院的《最高人民法院关于民事、行政诉讼申请国家赔偿若干问题的解释》，有以下几类行为，当事人可以向法院申请国家赔偿。
1、违法采取对妨碍诉讼的强制措施的，包括4中行为。
(1)对没有事实妨碍诉讼行为的人或者没有证据证明实施妨碍诉讼的人采取司法拘留、罚款措施的。
(2)超过法律规定期限实施司法拘留的。
(3)对同一妨碍诉讼行为重复采取罚款、司法拘留措施的。
(4)超过法律规定金额实施罚款的。
2、违法采取保全措施的，包括5种行为。
(1)依法不应当采取保全措施而采取保全措施或者依法不应当解除保全措施而解除保全措施的。
(2)保全案外人财产的(但案外人对案件当事人负有到期债务的情形除外)。
(3)明显超过申请保全数额或者保全范围的。
(4)对查封、扣押的财物不履行监管职责，严重不负责任，造成毁损、灭失的(但依法交由有关单位、个人负责保管的情形除外)。
(5)变卖财产未由合同评估机构估价，或者应当拍卖而未依法拍卖，强行将财物变卖给他人的。
3、对判决、裁定及其他生效法律文书执行错误，也就是对已经发生法律效力的判决、裁定、民事制裁决定、调解书、支付令、仲裁裁决、具有强制执行效力的公证债权文书以及行政处罚、处理决定等执行错误的，包括6种行为。
(1)执行尚未发生法律效力的判决、裁定、民事制裁决定等法律文书的。
