举证责任是法律规定由特定的当事人对特定的事项所承担的提供证据证明其诉讼主张的责任，负有举证责任的一方不能提供证据时，则对自己的主张承担不利法律后果的制度 。合理地分配举证责任，不仅关系到法律的实体公正能否在诉讼中得到实现，而且关系到能否构建一个有效率的诉讼程序，因此举证责任的分配在诉讼中占有非常重要的地位。人民法院在审理确认案件中，应当合理分配举证责任。
民事侵权诉讼中有“举证责任倒置”一说，脱胎于民事赔偿的国家赔偿确认案件审理，当然也可以适用“举证责任倒置”。《规定》第十六条规定：原作出司法行为的人民法院有义务对其行为的合法性作出说明。 “这一规定实质上规定了在确认人民法院司法行为违法案件的审判中，适用举证责任倒置原则，即作出原司法行为的人民法院承担举证责任。” 据此，举证责任倒置原则成为了人民法院国家赔偿确认案件中举证责任分配的一个基本原则。即由被申请确认的人民法院承担主要举证责任，司法行为是否违法由被申请确认的人民法院自己找证据辩解。笔者认为在确认案件的审判中适用举证责任倒置，确立人民法院对被诉具体司法行为的合法性负担举证责任主要基于下列原因：
第一, 由被申请的法院负担举证责任，体现公平原则。确认的申请人是公民、法人和其他组织，而被请求确认的赔偿义务机关是依法享有国家司法权的人民法院，其不仅权利带有国家强制力的特征，还占有、控制大量信息，在司法活动中起着决定、支配性作用。另外，在人民法院国家赔偿确认案件中，负责审理人民法院国家赔偿案件的也是法院。据此可见，在人民法院国家赔偿确认案件中，人民法院处于主导地位，在确认案件审判中明显占据优势地位。
第二,由被申请的人民法院负担举证责任，有利于发挥其举证优势。在确认案件中，进行司法审查的核心问题是法院行为的合法性。原司法行为是由被申请的法院作出的，被申请的法院掌握了作出原司法行为的事实和法律依据，所以被申请的人民法院的举证能力较申请人强。另外，从事物内在规定性看，不合法性是对合法性的否定，合法性属于积极事实，不合法性属于消极事实。“积极事实是肯定自身而否定外在的一切事实，因而范围较小，容易证明；消极事实是否定自身而肯定外在的一切事实，因而范围较大，难以证明。” 所以，从揭示案件事实真相的角度出发，笔者认为人民法院应对被诉具体司法行为的合法性负担举证责任。
第三，由被申请的人民法院负担举证责任，可以有效促进人民法院公正司法，严格依法办案。要求人民法院对其行为合法性承担举证责任，实质上是要求人民法院严格按照“以事实为依据，以法律为准绳”的基本原则，在具有事实根据和法律根据的前提下，作出具体司法行为。如果其作出的具体司法行为没有事实根据和法律根据则面临着否定性法律评价的后果。
那么被申请的人民法院到底应该承担哪些举证责任呢？笔者认为，第一，无论确认申请人的证据是否成立，作出原司法行为的人民法院都应当对自己作为或不作为的司法行为的合法性作出说明。第二，提供证据证明免责事由，提供证据证明违法的司法行为与损害结果之间不存在因果关系。第三，被申请的人民法院有权利提供证据否定赔偿请求人主张的损害事实、结果，不能否定的，不免除赔偿请求人的举证责任。
