一、 合同主体的审查
需具备相应的资质。审核资质时应注意审核其资质证书的资质等级、有效期限等是否符合工程建设项目的要求，持证单位名称是否与承包单位名称一致等。
相关法条：《建筑法》第13条“从事建筑活动的建筑施工企业、勘察单位、涉及单位和工程监理单位，按照其拥有的注册资本、专业技术人员、技术装备和已完成的建筑工程业绩等资质条件，划分为不同的资质等级，经资质审查合格，取得相应等级的资质证书后，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。”第26条“承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
二、 合同效力审查
2004第14号《关于审理建筑工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》：将五种合同依法认定为无效：
1、承包人未取得建设施工企业资质或超越资质等级的;
2、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的;
3、建设工程必须进行招标而未进行招标或者中标无效的;
4、承包人非法转包建设工程的;
5、承包人违法分包建设工程的。
三、施工合同第一部分协议书的内容审查
施工合同第一部分为协议书，概括约定施工合同的主要内容如工程概况(工程名称、地点、内容)、承包范围、工期、质量标准、合同价款，该部分属于合同实质内容的主要内容，审查时应注意核对是否与项目审批文件一致(如属招投标项目应核对承包人名称、承包条件是否与中标结果一致)，约定内容是否具体、准确，如有不一致应进行修改。
1、审查工程承包范围，包括土建工程、给排水工程、电气工程、消火栓工程、消防喷淋工程、暖通工程、弱电工程(包括智能化系统预埋管、盒、箱壳部分)等等。注意与招投标文件、发包图纸、工程量清单内容一致。
2、开工日期的审查，项目开工日期的明确对工期的认定，具有重要意义。一般标明：开工日期以发包方和监理方、或监理出具的开工通知日期为准。实际开工日期与约定日期不一致，以实际开工日期为准(开工通知书等证实)。施工许可证日期和实际施工日期不一致，以施工许可证日期为准。
四、合同内容合法性的审查
根据《合同法》、《建筑法》等相关法律规定，工程合同不得有违反法律、行政法规强制性规定的内容，审查时如有违反内容应进行删改。
常见问题：
1、将应当由一个承包人完成的建设工程直接成若干部分发包给几个承包人;
2、同意承包人将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程肢解后以分包的名义分别转包给第三人;
3、同意承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位;
4、同意分包单位将其承包的工程再分包;
5、同意建设工程主体结构的施工非由承包人自行完成;
6、合同约定建筑材料、建筑构配件和设备由工程承包单位采购的，发包单位制定承包单位购入用于工程的建筑材料、建筑构配件和设备或者制定生产厂、供应商;
7、将必须进行招标的项目化整为零或者以其他任何方式规避招标的;
8、与非中标人签订合同(也包括中标人向他人转让中标项目的情况);
9、不按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，或再行订立背离合同实质性内容的其他协议;
10、 其他违反法律、行政法规强制性规定的内容。
五、合同价款、计价方式
计价方式一般有三种：
1、采用固定价格合同。(如：合同约定工程总价款包含全部工程量内容，承包人无论何种原因没有列入单价或总价款中的工程，发包人都没有增加支付的义务，并认为该项目已包含在总承包价款中。本工程竣工结算时，只计算变更部分和材料价差调整部分，不再对报价书、标底价及中标价进行重新核对。)
2、采用可调价格合同。(如：合同价款调整方法，招标范围以内的工程量按实计算，定额计价，税前总价下浮。设计变更及现场签证由总监、发包人现场工程师共同认可，施工期间工程变更或签证调整单项 元以内不予计取， 元以上单项的变更或签证于竣工决算时调整，签证、变更的工程量按专项条款所规定的相应下浮率下浮。)
3、采用成本加酬金合同。(此种方式采用不多。)
应当约定：
1、预付工程款的数额、支付时限及抵扣方式;
2、工程进度款的支付方式、数额及时限;
3、工程施工中发生变更时，工程价款的调整方法、索赔方式、时限要求及金额支付方式;
4、发生工程价款纠纷的解决方法;
5、约定承担风险的范围及幅度以及超出约定范围和幅度的调整办法;
6、工程竣工价款的结算与支付方式、数额及时限;
7、工程质量保证(保修)金的数额、预扣方式及时限;
8、安全措施和意外伤害保险费用;
9、工期及工期提前或延后的奖惩办法;
10、与履行合同、支付价款相关的担保事项。
提示：审核计价方式的约定内容应注意审核是否清楚明确地约定了计价方式及价格调整的风险范围和调整方法、上下文约定的计价方式是否一致等(常见问题如:前面约定“包干造价，固定不变价”，后面又约定“按实结算”)。
六、关于合同价款支付条件、期限的约定
1、方式：节点形象进度，按比例;或工程量，按比例。除了需注意根据工程进度约定相应价款支付比例外，还需视公司审批流程所需期限等相关因素约定合理的付款期限。
如：“合同生效后”、“工程竣工并经验收合格后”补充具体期限“XX个工作日内”，以便安排付款事宜，避免迟延支付。
2、通用条款中关于合同价款变更、工程量确认、竣工验收报告、索赔报告等均约定了确认期限，如超过约定期限未予答复将被视为认可。因此如果通用条款约定的各个确认期限根据各公司实际履行需要不够长，应在专用条款中进行变更，延长相应期限，以免因公司审核流程较长在未答复前已被视为认可的情况发生。提示注意：
常有承包方要求发包方将其应收的合同款支付给其自行制定的分包单位或包工头，发票的开具也由分包单位或包工头自己解决。承包人试图通过转让债权这一形式将合同履行过程中存在的转包或违法分包行为合法化，甚至连发票开具的合同义务也同时进行转让。对于承包人的这种要求应予拒绝，并应注意在施工合同中明确约定工程款的收款账户、发票开具的方式等。
七、 审查对监理工程师、发包人派驻工程师权限的设置
1、明确工程师授权范围;
2、对于超越工程师授权范围的，由发包方确认。
提示注意：对于可能引起工期顺延、工程质量、合同效力等重大变更的工程师指令，可以约定需要经过发包人或承包人认可后生效。
八、 审查对于工期顺延的约定
1、工期顺延的原因，除规定不可抗力外，对于因工程内容变更、工期增加、设计变更、工程款支付、政府指令(停水停电)、地下物等因素造成的工期顺延，最好约定标准作为认定是否构成工期顺延的依据;
2、工期顺延的程序性约定：承包方在一定时间内，书面报发包方认可、监理认可。可以增加“视为”条款。(视为条款：发包方在约定期限内不予答复的，视为认可。)
九、 对于隐蔽工程和中间验收的条件和程序的审查
1、程序：“按照国家、省、市、县有关规定执行。承包人自检、并在隐蔽或中间验收前 小时，以书面形式通知监理工程师和发包人代表。防水及室外装修等重要部位的施工先做样板，经发包人和现场监理验收后方可进行施工。”等。
2、通用条款内有具体约定，也可在合同中明确“正负零、封顶”等主要节点的验收要求。
十、 审查关于工程变更的约定
未经过规划的批准、设计的批准的规划设计变更;承包方原则不作变更;但实务上需做变更。
(此类约定 举例如：由于工程变更使得工程量或工作内容增减的，变更发生后 日内，承包人须向工程师提交书面报告，工程师审批通过书面报告后报发包人核准，书面报告经发包人确认并加盖公章后,方可作为调整合同价款的有效签证,在工程结算时支付。承包人逾期不报，视为不涉及工程造价增加。设计变更必须提供由发包人发出的或发包人委托设计单位经发包人审批后发出的工程变更通知书，否则不视为设计变更。施工期间变更调整单项 元以内不予计取， 元以上单项的变更于竣工决算时调整。)
十一、审查关于竣工验收和结算的约定
重点注意：验收过程、工程交付、资料交付、竣工结算等方面的约定;关于验收的主体资格、质量不合格情况下的整改措施和责任承担、结算资料的提交时间和补充要求。
提示注意“视为条款“的约定：作为发包方，可约定“承包方不按时与发包方共同结算的，已发包方审定的结算金额为准;作为承包方可约定“结算文件提交后，在约定时间内发包方不予以审计的，视为认可结算资料”。
十二、农民工工资问题的约定
实践中曾发生此类纠纷：公司将工程施工任务承包给某施工单位进行，由于施工单位拖欠农民工工资，导致农民工向建设单位讨薪或向建设行政部门上访，很多地方政府要求建设单位承担垫付责任。
为解决此问题，可在施工合同中增加关于对方不按时发放农民工工资导致农民工到公司或有关部门上访给公司造成影响及算是的违约责任承担问题的约定，以约束对方合法用工并及时支付农民工工资。也可要求施工方提供银行出具的支付农民工工资的保函。
十三、违约责任
通用条款中的违约责任约定比较泛泛。
详细的约定可参照如下条款：
1、对于履约保证金(或保函)的具体内涵加以明确：何种情况下扣除、保函生效失效时间、保证金退还的时间及利息约定;
2、对于工期拖延的罚则：扣保证金、违约金及抵工程款、总价款的违约金。
3、对于逾期支付工程款的罚则：发包人不能按时支付工程款的，自逾期之日起按照中国人民银行规定的贷款利率承担迟延履行期间的利息。
4、对于工程及资料交付的约定：发包人与承包人工程结算发生的任何异议，应当通过仲裁或者诉讼解决，但是无论是否发生或者争议责任如何，都不能成为承包人行使工程移交、工程验收、配合工程备案以及移交工程资料的抗辩理由。上述争议被确认属于发包人过错的，发包人承担相应责任。(留置权)
5、对于质量争议的约定：质量问题认定的中间机构设置和认定。证明责任的承担和程序。可约定第三方：区所在地的质量部门。
6、对于质保金的约定：质保期的长短，质保金返还的方式和利息支付问题。7、于安全文明施工过程中的责任承担和处罚方式的约定。
8、关于工程违法转分包、挂靠的约定：主要是罚则。工程不允许转包或者违法分包，发包人发现承包人违反本条规定转包或者违法分包的，有权立即解除合同。承包人除比照本协议质量、工期相应处罚条款承担全部责任外，应当承担工程总标价10%的违约金。造成发包人损失的，承包人还应承担由于解除合同迫使发包人重新招标引起的房屋销售信誉受损带来的直接、间接经济、名誉赔偿责任。但本协议约定发包人分包的除外。
9、对于工程保修责任的认定：承包方不保修情况下的处理和费用承担。(如：“承包方应在规定时限内通过修理、重作等补救措施使工程质量合格，并应支付工程总价款 %的违约金，如超过规定改正期限工程质量仍未验收合格的，发包方有权单方解除本合同，并要求承包方赔偿相应的损失。承包方违约除应按照上述约定支付违约金外，当约定的违约金不足以弥补发包方所受到的损失时，还应赔偿发包方损失”。)
十四、安全责任
1、通用条款中有约定“承包方承担施工生产过程中发生的安全责任”。
实践中，常有受害人将建设单位一并作为共同被告起诉，导致建设单位花费大量人力物力处理纠纷。
为有效约束承包方严格履行安全施工责任，避免发包方因安全事故等原因而使受害人通过投诉、起诉、信访等方式向发包人主张权利，承包方应承担发包方因此支出的调查费、律师费等合理费用，并可约定每发生一起安全事故，发包方有权要求承包方支付合同总价款 %的违约金，可在工程款中直接扣除。”
2、实践中，建筑工地发生人身伤亡事故后，有些地方行政管理部门或受害人要求公司作为业主单位承担连带责任。对于该问题，分析如下：
一般情况下，建设单位对承包方在施工过程中造成他人损害是不应承担责任的，更无法律依据承担连带赔偿责任。(《建筑法》第45条规定：“施工现场安全由建筑施工企业负责。实行施工总承包的，由总承包单位负责。分包单位向总承包单位负责，服从总承包单位对施工现场的安全生产管理。”)
关于连带赔偿责任，根据《民法通则》第130条、《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第3条，承担连带赔偿责任的依据是建设单位与加害行为人构成共同侵权，如没有共同侵权，无须因是业主单位即承担连带赔偿责任。
特殊情况下，依据《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第10条，承揽人在完成工作过程中对第三人造成损害或者造成自身损害的，定作人不承担赔偿责任。但定作人对定作、指示或者选任有过失的，应当承担相应的赔偿责任。此种情况下，如果建设单位发出错误甚至违法违规的只是，或选择没有资质的施工企业承包建设工程的，则可能因此过错责任而承担相应的赔偿责任。
为减少此类争议，可采用的做法是：除要求承包方投保意外伤害保险外，同时要求承包方为职工、农民工投保工伤保险，一定程度上减少了建设单位的风险。
十五、保修责任条款
建设工程承包单位在向建设单位提交工程竣工验收报告时，应当向建设单位出具质量保修书。质量保修书中应明确建设工程的质量保修项目内容及范围、质量保修期限、质量保修责任、质量保修金的支付方法等。此外，还需明确工程质量出现问题时对方的反应机制问题，反映时限问题，工程维修的费用承担问题等
