(一)借款本金的处理
根据《合同法》第58条规定，借款合同被确认无效后，借款人从贷款人处取得的借款本金应当向贷款人返还。由于借款合同项下的借款本金的返还是金钱债务的范畴，而金钱债务原则上必须履行，所以借款合同被确认无效后，借款人必须向贷款人返还依合同取得的借款本金，而不能适用损害赔偿予以替代。
(二)利息的处理
《合同法》总则没有对借款合同被确认无效后利息如何处理作出明确的规定。而实践中，对无效借款合同项下的利息处理一直都是沿用最高人民法院《联营纠纷解答》第4条第2项的规定，即“除本金可以返还外，对出资方已经取得或者约定取得的利息应予收缴，对另一方则应处以相当于银行利息的罚款。”
其后，最高人民法院亦曾对此作过强调。最高人民法院法复【1996】15号《关于对企业借贷合同借款方逾期不归还借款的应如何处理问题的批复》规定，企业借贷合同违反有关金融法规，属合同无效。对于合同期限届满后，借款方逾期不归还本金，当事人起诉到人民法院的，人民法院除应按照最高人民法院《联营纠纷解答》第4条第2项的有关规定判决外，对自双方当事人约定的还款期届满之日起，至法院判决确定借款人返还本金期满期间的利息，应当收缴，该利息按借贷双方原约定的利率计算，如果双方当事人对借款利息未约定，按同期银行贷款利率计算。
借款人未按判决确定的期限归还本金的，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第229条的规定以及最高人民法院《关于在执行工作中如何计算退延履行期间的债务利息等问题的批复》加倍支付迟延履行期间的利息。这些规定也是目前各地法院在审理企业间无效借款合同纠纷案件时的主要法律依据。
在司法实践中，有的法院并未完全适用最高人民法院的上述规定，而是根据各地实际情况作了不同的处理。如有的法院对企业之间利用自有资金进行借贷的案件一般仅判决借款人返还借款本金，而且对约定的利息既不进行追缴，也不进行处罚，如果约定的利息高于中国人民银行规定的贷款利率，仅确认超出部分不予保护。有的法院则不对借贷双方进行处罚，对利息也不予保护，即判决借款人仅归还借款本金，对已经支付的利息充抵借款本金。这些做法有一定的合理之处，符合经济发展的现实要求，也符合平衡双方当事人权利义务的需要。
