关联企业所产生的利益冲突势必要反应在法律上。这就是公司法上所承认的“公司是独立的主体”这一假定被现实的经济事实推翻了。因为，在关联企业情形下，作为关联企业的成员在事实上须听命于他公司，接受他公司的控制。这种控制权的存在引发了一系列法律问题。这些问题包括公司法上的从属公司少数股东及债权人的问题，证券法上的内幕交易问题，税法上的“非常规交易”问题，及垄断法上的反垄断问题，以及国际法上的跨国公司的问题。本文只侧重于公司法上的问题及公司法对关联企业的反应的问题。
由于关联企业中支配与控制因素的存在，在公司法上出现两大问题：其一是如何保护从属公司债权人利益问题？其二是如何保护从属公司及其少数股东的利益的问题？
第一，从属公司债权人的利益保护问题
在控制公司的指挥控制之下，从属公司虽然在法律上是独立的主体，但在经济上却部分或全部地丧失了其自主性。因此，从属公司的经营往往不是为了其自身的利益，而是为了控制企业或关联企业整体利益。从属公司的营业计划也常常是整体关联企业营业计划中的一部分或者一个环节而已。从属公司的人力、财力、物力常常被利用来作为追求整体关联企业或控制企业的利益的资源和工具。在某些极端的情形下，从属公司的设立往往只是为了增进另一家“模范公司”的经营或营业利润而已。
然而，从属公司本身又是法律上独立的民事主体，享有权利能力和行为能力，可以与第三人进行交易而得享受一定的债权和承担一定的债务。因而，从属公司资产的减少势必影响从属公司债权人的利益。如果母公司或某一关联企业成员公司为了要逃避债务而把资产转移到另外一家成员公司，则从属公司债权人的利益将会受到不利的影响。
第二，从属公司及其少数股东的利益保护问题
由于从属公司的经营受到控制企业的支配和控制，它常常是为控制企业的利益而经营和服务的，从属公司的利益因此而受到损害。影响所及，从属公司的少数股东的利益亦因此受到损害。理论上，控制股东是从属公司的大股东，从属公司的利益受到损害，控制股东的利益也必将受到损害。但实际上，控制公司在从属公司中所受到的损害，可以从其他成员企业所直接获得的利益而获得补偿。困此，从属公司股东中最后受到不利益的必然是少数股东。
