公司决议瑕疵是指由于公司决议违反法律、行政法规或公司章程的规定，导致公司决议不能体现所有股东的真实意思。决议的瑕疵既可能存在于形成决议的程序中，又可能存在于决议的内容中;前者属于程序瑕疵，后者属于内容瑕疵。
程序瑕疵。公司决议的产生自然要履行一定程序方可形成，只有按照规定的程序形成的决议才能保证决议参与者平等、充分的表达意思，也才能发生公司决议的效力。倘若公司决议在程序上存在瑕疵，就不能体现为所有应当享有表决权的决议参与者的真实意思表示，除非该决议做出后取得所有应当享有表决权的决议参与者的一致追认或默认。程序瑕疵发生于决议形成的过程之中，主要体现在会议召集程序和表决方式两个方面。程序瑕疵表现为会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程。
内容瑕疵。内容瑕疵与程序瑕疵相比其具有不可逆转性，被一些学者称之为“不可逆转的缺陷”，即不论公司采取何种补救措施均不得作出与此内容相同的决议。内容瑕疵主要表现为：决议内容违反民法、公司法的基本原则和具体规定;违反其他法律、行政法规的规定;违反公司章程。
决议的撤销或无效，都是以决议成立为前提的，倘若决议不成立又该如何处理呢?所谓决议的不成立，是指不具备决议成立要件的决议。如法律行为欠缺成立要件时，并无讨论法律行为无效或撤销的余地。同样，必须符合成立要件的决议，才有进一步探究会决议有无无效或撤销原因的必要。如果决议不成立，决议瑕疵问题就根本无从谈起。决议的无效，是因为决议欠缺生效要件，在立法上作否定的价值判断的结果;而对于决议的撤销，在撤销前决议本身是有效的，即满足了决议生效的要件，只不过因为决议存在着不公正的因素(可撤销原因)，基于撤销权人的主张，决议存在着被撤销可能性。因此，决议的无效或撤销，是对决议效力的评价，而决议不成立不是对决议效力的评价，这是无效或撤销原因不同于决议不存在原因的主要方面。
我国《公司法》第二十二条的规定，把公司决议瑕疵诉讼区分为“决议内容违反法律、行政法规”的确认决议无效诉讼和“会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程”的撤销决议诉讼两种情形，作此区分也并不是完全按照程序瑕疵和内容瑕疵的区分而进行的诉讼区分，而是把决议内容违法作为无效之诉;把程序违反法律、章程和内容违反章程合并作为撤销之诉。如此区分可以窥见立法者是依据瑕疵的严重程度而加以区分的，而对决议不成立的状况未加以考量。当然，将导致公司决议诉讼的原因从程序与内容两个方面一分为二来看，公司决议不成立也应当属于程序瑕疵的范畴。
