证券自营业务的风险是指在进行证券自营买卖过程中，由于各种原因会导致证券公司发生损失，这种发生损失的可能性就是证券公司从事证券自营业务的风险。
具体地说，产生证券经营机构自营业务风险的主要源头有：
(一)投资决策失误，投资组合不合理
(二)对所投资的股票缺乏深入的研究，对大势以及宏观经济的研判不准确
(三)操作人员技术不熟练、经验不丰富或越权操作，从而导致操作失败
(四)工作人员假公济私、贪污公款或在盘中进行公私股票账户“对敲”下单，将公款转变为私有
(五)保密工作失误，操作计划泄密，导致操作困难，成本上升
(六)违规做庄
所谓的做庄是指股票投机者大量买进某种股票以相对较低的成本对其进行控制，故意抬拉股票价格，谋求获得高额利润。一般而言，要对某只股票进行控盘，庄家手上的筹码必须要达到该只股票流通量的40%以上。根据1996年证监会颁发的《证券经营机构证券自营管理办法》中第22条规定“证券经营机构买入任一上市公司股票按当日收盘价计算的总市值不得超过该上市公司流通股总值的20%”。也就是说在正常情况下，从事证券自营业务的证券经营机构不可能在二级市场上操纵任何一家上市公司的股票，然而很多机构都是在“分账管理，统一行动”的原则上来实现做庄的。
(七)自营业务的资金来源不合规
证券经营机构使用拆入资金、卖出回购证券款、高息吸收的存款、占用客户交易结算资金(或账户透支)等从事自营业务，实际持有的权益类证券总额超过规定的比例，造成负债率高、资金成本高、收益差，特定情况下容易产生支付危机等风险。
(八)自营业务的会计处理不规范
由于证券经营机构普遍使用他人股东账户从事自营业务，形成自营业务所使用账户比较分散，会计处理不规范，如将部分自营业务在其他会计科目反映，自营业务损益不入账或少入账，不按规定提取投资风险准备金等，违反会计核算的真实性原则。
(九)自营业务管理水平不高
在自营业务的管理上，多数证券经营机构自营业务和其他业务在资金、人员、账户上没有分开，进行混合操作。有的证券经营机构未建立有效的自营业务决策系统、调研系统、操作系统及相应的管理制度、责任制度，自营业务的管理水平和盈利能力不高。此外，还存在盗用客户证券及卖空证券的现象，如变卖客户国债代保管凭证及在国债回购市场上卖出客户的国债等。
